PubMed

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PubMed
Logotipo PubMed blue.svg
Contato
Centro de PesquisaBiblioteca Nacional de Medicina dos Estados Unidos (NLM)
Data de lançamentoJaneiro 1996 ; 25 anos atrás (1996-01)
Acesso
Local na rede Internetpubmed .ncbi .nlm .nih .gov

O PubMed é um mecanismo de busca gratuito que acessa principalmente o banco de dados MEDLINE de referências e resumos em ciências biológicas e tópicos biomédicos. A Biblioteca Nacional de Medicina dos Estados Unidos (NLM) no National Institutes of Health mantém o banco de dados como parte do sistema Entrez de recuperação de informações . [1]

De 1971 a 1997, o acesso online ao banco de dados MEDLINE foi feito principalmente por meio de instalações institucionais, como bibliotecas universitárias . [2] O PubMed, lançado pela primeira vez em janeiro de 1996, inaugurou a era da pesquisa MEDLINE privada, gratuita, em casa e no escritório. [3] O sistema PubMed foi oferecido gratuitamente ao público a partir de junho de 1997. [2]

Conteúdo

Além do MEDLINE, o PubMed fornece acesso a:

  • referências mais antigas da versão impressa do Index Medicus , de 1951 e anteriores
  • referências a alguns periódicos antes de serem indexados no Index Medicus e MEDLINE, por exemplo , Science , BMJ e Annals of Surgery
  • entradas muito recentes nos registros de um artigo antes de ser indexado com Medical Subject Headings (MeSH) e adicionado ao MEDLINE
  • uma coleção de livros disponíveis em texto completo e outros subconjuntos de registros NLM [4]
  • Citações PMC
  • NCBI Bookshelf

Muitos registros PubMed contêm links para artigos de texto completo, alguns dos quais estão disponíveis gratuitamente, geralmente no PubMed Central [5] e em mirrors locais, como Europe PubMed Central . [6]

Informações sobre os periódicos indexados no MEDLINE e disponíveis no PubMed podem ser encontrados no Catálogo NLM. [7]

Em 27 de janeiro de 2020 , o PubMed tinha mais de 30 milhões de citações e resumos que datavam de 1966, seletivamente até o ano de 1865 e muito seletivamente até 1809. Na mesma data , 20 milhões de registros do PubMed estão listados com seus resumos, e 21,5 milhões de registros têm links para versões em texto completo (dos quais 7,5 milhões de artigos estão disponíveis, texto completo gratuitamente). [8] Nos últimos 10 anos (terminando em 31 de dezembro de 2019), uma média de quase 1 milhão de novos registros foram adicionados a cada ano. Aproximadamente 12% dos registros no PubMed correspondem a entradas relacionadas ao câncer, que cresceram de 6% na década de 1950 para 16% em 2016. [9] Outra proporção significativa de registros corresponde a "química" (8,69%), "terapia "(8,39%) e" infecção "(5%).[citação necessária ]

Em 2016, a NLM mudou o sistema de indexação para que os editores possam corrigir diretamente os erros de digitação e erros nos artigos indexados do PubMed. [10]

Foi relatado que o PubMed inclui alguns artigos publicados em periódicos predatórios. As políticas do MEDLINE e do PubMed para a seleção de periódicos para inclusão no banco de dados são ligeiramente diferentes. Fraquezas nos critérios e procedimentos de indexação de periódicos no PubMed Central podem permitir que publicações de periódicos predatórios vazem para o PubMed. [11]

Características

Design do site

Uma nova interface PubMed foi lançada em outubro de 2009 e incentivou o uso de tais formulações de pesquisa rápidas, semelhantes ao Google; também foram descritos como pesquisas de 'telegrama'. [12] Por padrão, os resultados são classificados por Mais recente, mas isso pode ser alterado para Melhor correspondência, Data de publicação, Primeiro autor, Último autor, Periódico ou Título. [13]

O design e domínio do site PubMed foi atualizado em janeiro de 2020 e tornou-se padrão em 15 de maio de 2020, com as atualizações e novos recursos. [14] Houve uma reação crítica de muitos pesquisadores que costumam usar o site. [15]

PubMed para handhelds / mobiles

O PubMed / MEDLINE pode ser acessado através de dispositivos portáteis, usando, por exemplo, a opção "PICO" (para questões clínicas específicas) criada pelo NLM. [16] Uma opção "PubMed Mobile", fornecendo acesso a uma versão simplificada e amigável do PubMed, também está disponível. [17]

Pesquisar

Busca padrão

Pesquisas simples no PubMed podem ser realizadas inserindo os principais aspectos de um assunto na janela de pesquisa do PubMed.

O PubMed traduz esta formulação de pesquisa inicial e adiciona automaticamente nomes de campo, termos MeSH (Medical Subject Headings) relevantes, sinônimos, operadores booleanos e 'aninha' os termos resultantes de forma adequada, aprimorando significativamente a formulação de pesquisa, em particular combinando rotineiramente (usando o OU operador) palavras-texto e termos MeSH.

Os exemplos dados em um tutorial PubMed [18] demonstram como esse processo automático funciona:

Causas Sleep Walking é traduzido como ("etiologia" [Subheading] OU "etiologia" [Todos os Campos] OU "causas" [Todos os Campos] OU "causalidade" [Termos MeSH] OU "causalidade" [Todos os Campos]) E ("sonambulismo "[MeSH Terms] OR" sonambulism "[All Fields] OR (" sleep "[All Fields] AND" walking "[All Fields]) OR" sleep walking "[All Fields])

Da mesma forma,

Soft Attack Aspirin Prevention é traduzido como ("infarto do miocárdio" [Termos MeSH] OU ("miocárdio" [Todos os campos] E "infarto" [Todos os campos]) OU "infarto do miocárdio" [Todos os campos] OU ("coração" [Todos Fields] E "ataque" [Todos os Campos]) OU "ataque cardíaco" [Todos os Campos]) E ("aspirina" [Termos MeSH] OU "aspirina" [Todos os Campos]) E ("prevenção e controle" [Subtítulo] OU ("prevenção" [Todos os Campos] E "controle" [Todos os Campos]) OU "prevenção e controle" [Todos os Campos] OU "prevenção" [Todos os Campos])

Pesquisa abrangente

Para buscas ótimas no PubMed, é necessário entender seu componente central, MEDLINE, e especialmente do vocabulário controlado MeSH (Medical Subject Headings) usado para indexar artigos MEDLINE. Eles também podem exigir estratégias de pesquisa complexas, uso de nomes de campo (tags), uso adequado de limites e outros recursos; bibliotecários de referência e especialistas em pesquisa oferecem serviços de pesquisa. [19] [20]

A busca na janela de busca do PubMed só é recomendada para a busca de tópicos inequívocos ou novas intervenções que ainda não tenham um título MeSH criado, bem como para a busca de marcas comerciais de medicamentos e nomes próprios. Também é útil quando não há cabeçalho adequado ou o descritor representa um aspecto parcial. A pesquisa usando o dicionário de sinônimos MeSH é mais precisa e dará menos resultados irrelevantes. Além disso, evita a desvantagem da pesquisa de texto livre em que as diferenças ortográficas, singular / plural ou abreviadas devem ser levadas em consideração. Por outro lado, não serão encontrados artigos mais recentemente incorporados à base de dados aos quais ainda não foram atribuídos descritores. Portanto, para garantir uma busca exaustiva,uma combinação de cabeçalhos de idioma controlado e termos de texto livre deve ser usada.[21]

Parâmetros artigo de jornal

Quando um artigo de jornal é indexado, vários parâmetros do artigo são extraídos e armazenados como informações estruturadas. Esses parâmetros são: Tipo de artigo (termos MeSH, por exemplo, "Ensaio clínico"), identificadores secundários, (termos MeSH), idioma, país do periódico ou histórico de publicação (data de publicação eletrônica, data de publicação em jornal impresso).

Tipo de Publicação: consultas clínicas / revisões sistemáticas

O parâmetro de tipo de publicação permite pesquisar pelo tipo de publicação , incluindo relatórios de vários tipos de pesquisa clínica. [22]

Secundária ID

Desde julho de 2005, o processo de indexação de artigos MEDLINE extrai identificadores do resumo do artigo e os coloca em um campo chamado Identificador Secundário (SI). O campo do identificador secundário serve para armazenar números de acesso a vários bancos de dados de dados de sequência molecular, expressão de genes ou compostos químicos e IDs de ensaios clínicos. Para ensaios clínicos, o PubMed extrai IDs de ensaios para os dois maiores registros de ensaios: ClinicalTrials.gov (identificador de NCT) e o Registro de Número de Ensaios Controlados Randomizados Padrão Internacional (identificador de IRCTN). [23]

Veja também

Uma referência considerada particularmente relevante pode ser marcada e "artigos relacionados" podem ser identificados. Se for relevante, vários estudos podem ser selecionados e artigos relacionados a todos eles podem ser gerados (no PubMed ou em qualquer outra base de dados do NCBI Entrez) usando a opção 'Encontrar dados relacionados'. Os artigos relacionados são listados em ordem de "relação". Para criar essas listas de artigos relacionados, o PubMed compara palavras do título e resumo de cada citação, bem como os títulos MeSH atribuídos, usando um poderoso algoritmo de peso por palavra. [24] A função 'artigos relacionados' foi considerada tão precisa que os autores de um artigo sugeriram que ela pode ser usada em vez de uma pesquisa completa. [25]

Mapeamento para MeSH

O PubMed se conecta automaticamente aos termos e subtítulos do MeSH. Os exemplos seriam: "mau hálito" links para (e inclui na pesquisa) "halitose", "ataque cardíaco" para "enfarte do miocárdio", "cancro da mama" para "neoplasias da mama". Quando apropriado, esses termos MeSH são automaticamente "expandidos", ou seja, incluem termos mais específicos. Termos como "enfermagem" são automaticamente vinculados a "Enfermagem [MeSH]" ou "Enfermagem [subtítulo]". Esse recurso é chamado de Mapeamento de termo automático e é executado, por padrão, na pesquisa de texto livre, mas não na pesquisa de frase exata (ou seja, colocando a consulta de pesquisa entre aspas duplas).[26] Este recurso torna as pesquisas PubMed mais sensíveis e evita resultados falsos negativos (perdidos), compensando a diversidade da terminologia médica. [26]

O PubMed não aplica o mapeamento automático do termo nas seguintes circunstâncias: escrevendo a frase entre aspas (por exemplo, "aloenxerto de rim"), quando truncado no asterisco (por exemplo, aloenxerto de rim *) e ao olhar com rótulos de campo (por exemplo, Câncer [ti]). [21]

My NCBI

O recurso opcional PubMed "Meu NCBI" (com registro gratuito) fornece ferramentas para

  • salvando pesquisas
  • filtrando resultados de pesquisa
  • configurar atualizações automáticas enviadas por e-mail
  • salvar conjuntos de referências recuperadas como parte de uma pesquisa PubMed
  • configurar formatos de exibição ou destacar termos de pesquisa

e uma ampla gama de outras opções. [27] A área "Meu NCBI" pode ser acessada de qualquer computador com acesso à web. Uma versão anterior de "Meu NCBI" era chamada de "PubMed Cubby". [28]

LinkOut

LinkOut é um recurso do NLM para vincular e disponibilizar acervos de periódicos locais em texto completo. [29] Cerca de 3.200 sites (principalmente instituições acadêmicas) participam desta facilidade NLM (em março de 2010 ), da Universidade de Aalborg na Dinamarca à ZymoGenetics em Seattle. [30] Os usuários dessas instituições veem o logotipo de sua instituição no resultado da pesquisa do PubMed (se o periódico for mantido nessa instituição) e podem acessar o texto completo. Link out está sendo consolidado com a Outside Tool a partir da grande atualização da plataforma no verão de 2019. [31]

PubMed Commons

Em 2016, o PubMed permite que autores de artigos comentem artigos indexados pelo PubMed. Este recurso foi testado inicialmente em modo piloto (desde 2013) e se tornou permanente em 2016. [32] Em fevereiro de 2018, o PubMed Commons foi descontinuado devido ao fato de que "o uso permaneceu mínimo". [33] [34]

askMEDLINE

askMEDLINE, uma ferramenta de consulta em linguagem natural de texto livre para MEDLINE / PubMed, desenvolvida pelo NLM, também adequada para dispositivos portáteis. [35]

Identificador PubMed

Um PMID (identificador PubMed ou identificador único PubMed) [36] é um valor inteiro único , começando em 1, atribuído a cada registro PubMed. Um PMID não é o mesmo que um PMCID ( P ub M ed C entral ID entifier), que é o identificador de todos os trabalhos publicados no acesso livre-de- PubMed Central . [37]

A atribuição de um PMID ou PMCID a uma publicação nada diz ao leitor sobre o tipo ou a qualidade do conteúdo. PMIDs são atribuídos a cartas ao editor , opiniões editoriais, colunas de opinião e qualquer outro artigo que o editor escolha incluir no periódico, bem como artigos revisados ​​por pares. A existência do número de identificação também não é prova de que os papéis não tenham sido retirados por fraude, incompetência ou improbidade. O anúncio sobre quaisquer correções em artigos originais pode ser atribuído a um PMID.

Cada número inserido na janela de pesquisa do PubMed é tratado por padrão como se fosse um PMID. Portanto, qualquer referência no PubMed pode ser localizada usando o PMID.

Interfaces alternativas

MEDLINE é uma das bases de dados acessíveis através do PubMed. Várias empresas fornecem acesso ao MEDLINE por meio de suas plataformas.

A National Library of Medicine aluga as informações da MEDLINE para vários fornecedores privados, como Embase , Ovid , Dialog , EBSCO , Knowledge Finder e muitos outros fornecedores comerciais, não comerciais e acadêmicos. [38] Em outubro de 2008 , mais de 500 licenças foram emitidas, mais de 200 delas para fornecedores fora dos Estados Unidos. Como as licenças para usar os dados MEDLINE estão disponíveis gratuitamente, o NLM em vigor fornece um campo de teste gratuito para uma ampla gama [39] de interfaces alternativas e adições de terceiros ao PubMed, um dos poucos bancos de dados grandes e com curadoria profissional que oferece isso opção.

Lu [39] identifica uma amostra de 28 versões atuais e gratuitas do PubMed, sem necessidade de instalação ou registro, que são agrupadas em quatro categorias:

  1. Classificação dos resultados da pesquisa, por exemplo: eTBLAST ; MedlineRanker; [40] MiSearch; [41]
  2. Agrupando resultados por tópicos, autores, periódicos, etc., por exemplo: Anne O'Tate ; [42] ClusterMed; [43]
  3. Melhorar a semântica e visualização, por exemplo: EBIMed; [44] MedEvi. [45]
  4. Interface de pesquisa aprimorada e experiência de recuperação, por exemplo, askMEDLINE [46] [47] BabelMeSH; [48] e PubCrawler. [49]

Como a maioria dessas e outras alternativas dependem essencialmente de dados PubMed / MEDLINE alugados sob licença do NLM / PubMed, o termo "derivados PubMed" foi sugerido. [39] Sem a necessidade de armazenar cerca de 90 GB dos conjuntos de dados PubMed originais, qualquer pessoa pode escrever aplicativos PubMed usando a interface do programa eutils-application, conforme descrito em "The E-utilities In-Depth: Parameters, Syntax and More", de Eric Sayers , PhD. [50] Vários geradores de formato de citação, tendo números PMID como entrada, são exemplos de aplicativos da web que fazem uso da interface de programa de aplicativo eutils. Amostras de páginas da web incluem Citation Generator - Mick Schroeder , Pubmed Citation Generator - Ultrasound of the Week , PMID2cite eCite isso para mim .

Mineração de dados do PubMed

Métodos alternativos para a mina de dados em ambientes de programação de uso PubMed tais como Matlab , Python ou R . Nestes casos, as consultas do PubMed são escritas como linhas de código e passadas para o PubMed e a resposta é processada diretamente no ambiente de programação. O código pode ser automatizado para consultas sistemáticas com diferentes palavras-chave, como doença, ano, órgãos, etc. Uma publicação recente (2017) descobriu que a proporção de entradas relacionadas ao câncer no PubMed aumentou de 6% na década de 1950 para 16% em 2016 . [9]

Os dados acessíveis pelo PubMed podem ser espelhados localmente usando uma ferramenta não oficial como o MEDOC. [51]

Milhões de registros PubMed aumentam vários conjuntos de dados de dados abertos sobre acesso aberto , como Unpaywall . Ferramentas de análise de dados como Unpaywall Journals são usadas por bibliotecas para ajudar em grandes cancelamentos: as bibliotecas podem evitar assinaturas de materiais já atendidos por acesso aberto instantâneo por meio de arquivos abertos como o PubMed Central. [52]

Veja também

Referências

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Ligações externas

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