Dendrograma

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Dendrograma de um agrupamento hierárquico (UPGMA) com a altura dos nós (adaptado de dados de sequência de rRNA 5S bacteriano [1] ).
Saída de dendrograma para agrupamento hierárquico de províncias marinhas usando presença/ausência de espécies de esponjas. [2]
Um dendograma da Árvore da Vida . Esta árvore filogenética é adaptada de Woese et al. análise de rRNA. [3] A linha vertical na parte inferior representa o último ancestral comum universal (LUCA).
Mapa de calor de dados de RNA-Seq mostrando dois dendrogramas nas margens esquerda e superior.

Um dendrograma é um diagrama que representa uma árvore . Esta representação diagramática é frequentemente usada em diferentes contextos:

O nome dendrograma deriva das duas palavras gregas antigas δένδρον ( déndron ), que significa "árvore", e γράμμα ( grámma ), que significa "desenho, figura matemática". [7] [8]

Exemplo de clustering

Para um exemplo de agrupamento, suponha que cinco taxa (para) foram agrupados por UPGMA com base em uma matriz de distâncias genéticas . O dendrograma de agrupamento hierárquico mostraria uma coluna de cinco nós representando os dados iniciais (aqui táxons individuais), e os nós restantes representariam os agrupamentos aos quais os dados pertencem, com as setas representando a distância (dissimilaridade). A distância entre os clusters mesclados é monótona, aumentando com o nível da fusão: a altura de cada nó no gráfico é proporcional ao valor da dissimilaridade intergrupo entre suas duas filhas (os nós à direita representando observações individuais todos plotados em zero altura).

Veja também

Referências

Citações

  1. ^ Swofford DL, Olsen GJ, Waddell PJ, Hillis DM (1996). "Inferência filogenética". Em Hillis DM, Moritz C, Mable BK (eds.). Sistemática Molecular, 2ª edição . Sunderland, MA: Sinauer. págs. 407-514. ISBN 9780878932825.
  2. Van Soest R, Boury-Esnault N, Vacelet J, Dohrmann M, Erpenbeck D, De Voogd N, Santodomingo N, Vanhoorne B, Kelly M, Hooper J (2012). "Diversidade Global de Esponjas (Porifera)" . PLO UM . 7 (4): e35105. Bibcode : 2012PLoSO...735105V . doi : 10.1371/journal.pone.0035105 . PMC 3338747 . PMID 22558119 .  
  3. ^ Woese, Carl R. ; Kandler, O ; Wheelis, M (1990). "Rumo a um sistema natural de organismos: proposta para os domínios Archaea, Bacteria e Eucarya" (PDF) . Proc Natl Acad Sci USA . 87 (12): 4576-4579. Bibcode : 1990PNAS...87.4576W . doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . PMC 54159 . PMID 2112744 .   
  4. ^ Everitt, Brian (1998). Dicionário de Estatística . Cambridge, Reino Unido: Cambridge University Press. pág. 96 . ISBN 0-521-59346-8.
  5. ^ Wilkinson, Leland; Amigável, Michael (maio de 2009). "A História do Mapa de Calor Cluster". O Estatístico Americano . 63 (2): 179–184. doi : 10.1198/tas.2009.0033 . S2CID 122792460 . 
  6. ^ "Árvore filogenética (biologia)" . Enciclopédia Britânica . Recuperado 2018-10-22 .
  7. ^ Bailly, Anatole (1981-01-01). Abrégé du dictionnaire grec français . Paris: Hachette. ISBN 2010035283. OCLC  461974285 .
  8. ^ Bailly, Anatole. "Dicionário grego-francês online" . www.tabularium.be . Recuperado em 20 de outubro de 2018 .

Fontes

Links externos