Geobacillus stearothermophilus

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Geobacillus stearothermophilus
Classificação científica
Domínio:
Filo:
Classe:
Ordem:
Família:
Gênero:
Espécies:
G. estearothermophilus
Nome binomial
Geobacillus stearothermophilus

Geobacillus stearothermophilus (anteriormente Bacillus stearothermophilus ) [1] [2] é uma bactéria Gram-positiva em forma de bastonete e membro da divisão Firmicutes . A bactéria é termófila e está amplamente distribuída no solo, fontes termais, sedimentos oceânicos e é causadora de deterioração em produtos alimentícios. Crescerá dentro de uma faixa de temperatura de 30 a 75 ° C. Algumas cepas são capazes de oxidar o monóxido de carbono aerobicamente. É comumente usado como um organismo de desafio para estudos de validação de esterilização e verificação periódica dos ciclos de esterilização. O indicador biológico contém esporosdo organismo em papel de filtro dentro de um frasco. Após a esterilização, a tampa é fechada, uma ampola de meio de crescimento dentro do frasco é esmagada e o frasco inteiro é incubado . Uma mudança de cor e/ou turbidez indica os resultados do processo de esterilização; nenhuma alteração indica que as condições de esterilização foram alcançadas, caso contrário, o crescimento dos esporos indica que o processo de esterilização não foi cumprido. Recentemente, uma cepa com marcação fluorescente , Rapid Readout(tm), está sendo usada para verificar a esterilização, uma vez que a fluorescência azul visível aparece em cerca de um décimo do tempo necessário para a mudança de cor do indicador de pH, e um sensor de luz barato pode detectar a crescente colônias.

Os indicadores biológicos são usados ​​em conjunto com indicadores químicos e indicadores de processo para validar os processos de esterilização.

Foi descrito pela primeira vez em 1920 como Bacillus stearothermophilus , [3] mas, juntamente com Bacillus thermoglucosidasius , foi reclassificado como membro do gênero Geobacillus em 2001. [4]

Aplicações em biologia molecular

DNA Polimerase

DNA polimerase I
Identificadores
OrganismoGeobacillus stearothermophilus
SímboloPolA
PDB2XY5
UniProtE1C9K5
Termoestável Grupo II Intron Transcriptase Reversa GsI-IIC
Identificadores
OrganismoGeobacillus stearothermophilus
SímboloTRT
PDB6AR1
UniProtE2GM63

Recentemente, uma DNA polimerase derivada dessas bactérias, a Bst polimerase, tornou-se importante em aplicações de biologia molecular.

A Bst polimerase tem uma atividade semelhante à helicase , tornando-a capaz de desenrolar as fitas de DNA. Sua temperatura funcional ótima está entre 60 e 65°C e é desnaturado em temperaturas acima de 70°C. Esses recursos o tornam útil na amplificação isotérmica mediada por loop (LAMP) . [5] LAMP é semelhante à reação em cadeia da polimerase (PCR) , mas não requer a etapa de alta temperatura (96°C) necessária para desnaturar o DNA.

Transcriptase reversa

Em 2013, uma transcriptase reversa do íntron do grupo II termoestável (TGIRT), GsI-IIC-MRF, de G. stearothermophilus foi encontrada para reter atividade até 70 ° C e exibir alta processabilidade e baixa taxa de erro. [6] Essas propriedades tornam essa enzima útil para transcrição reversa de moléculas de RNA longas e/ou altamente estruturadas. Um método para determinar a estrutura secundária de RNA , DMS-MaPseq, usa essa enzima porque converte RNA normal em DNA com precisão, mas introduz mutações em bases não pareadas que foram metiladas por dimetilsulfato , e as mutações podem ser identificadas por meio de sequenciamento . [7]

Referências

  1. ^ Coorevits, A; Dinsdale, AE; Halket, G; Lebbe, L; De Vos, P; Van Landschoot, A; Logan, NA (julho de 2012). "Revisão taxonômica do gênero Geobacillus: emenda de Geobacillus, G. stearothermophilus, G. jurassicus, G. toebii, G. thermodenitrificans e G. thermoglucosidans (nom. corrig., anteriormente 'thermoglucosidasius'); transferência de Bacillus thermantarcticus para o gênero como G. thermantarcticus comb. nov.; proposta de Caldibacillus debilis gen. nov., comb. nov.; transferência de G. tepidamans para Anoxybacillus como A. tepidamans comb. nov.; e proposta de Anoxybacillus caldiproteolyticus sp. nov" . Revista Internacional de Microbiologia Sistemática e Evolutiva . 62 (Pt 7): 1470-85. doi : 10.1099/ijs.0.030346-0. PMID  21856988 .
  2. ^ "Notificação de que novos nomes e novas combinações apareceram no volume 50, parte 2, do IJSEM" (PDF) . Revista Internacional de Microbiologia Sistemática e Evolutiva . 51 (3): 795–6. 2001. doi : 10.1099/00207713-51-3-795 . PMID 11411700 . Arquivado do original (PDF) em 2009-03-26 . Recuperado em 2007-09-07 .  
  3. ^ DONK PJ: Um organismo termofílico altamente resistente" Journal of Bacteriology 1920; 5, 373-374.
  4. ^ TN Nazina; TP Tourova; AB Poltaraus; EV Novikova; AA Grigoryan; AE Ivanova; AM Lysenko; VV Petrunyaka; GA Osipov; SS Belyaev & MV Ivanov (2001). "Estudo taxonômico de bacilos termofílicos aeróbicos: descrições de Geobacillus subterraneus gen. nov., sp. nov. e Geobacillus uzenensis sp. nov. de reservatórios de petróleo e transferência de Bacillus stearothermophilus, Bacillus thermocatenulatus, Bacillus thermoleovorans, Bacillus kaustophilus, Bacillus thermodenitrificans para Geobacillus como as novas combinações G. stearothermophilus, G. th" . Revista Internacional de Microbiologia Sistemática e Evolutiva . 51 (2): 433–446. doi : 10.1099/00207713-51-2-433 . PMID 11321089 .
  5. ^ Mori Y, Hirano T, Notomi T (2006). "Detecção visual específica de sequência de reações LAMP por adição de polímeros catiônicos" . BMC Biotechnol . 6 : 3. doi : 10.1186/1472-6750-6-3 . PMC 1373654 . PMID 16401354 .  
  6. ^ Mohr, S.; Ghanem, E.; Smith, W.; Sheeter, D.; Qin, Y.; Rei, O.; Polioudakis, D.; Iyer, VR; Hunicke-Smith, S.; Swamy, S.; Kuersten, S. (2013-07-01). "Proteínas de fusão de transcriptase reversa de íntrons do grupo II termoestáveis ​​e seu uso na síntese de cDNA e sequenciamento de RNA de próxima geração" . ARN . 19 (7): 958-970. doi : 10.1261/rna.039743.113 . ISSN 1355-8382 . PMC 3683930 . PMID 23697550 .   
  7. ^ Zubradt, Meghan; Gupta, Paromita; Persad, Sitara; Lambowitz, Alan M; Weissman, Jonathan S; Rouskin, Silvi (2016-11-07). "DMS-MaPseq para sondagem de estrutura de RNA de todo o genoma ou direcionada in vivo" . Métodos da Natureza . 14 (1): 75–82. doi : 10,1038/nmeth.4057 . ISSN 1548-7091 . PMC 5508988 . PMID 27819661 .   

Links externos