PubMed

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PubMed
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コンタクト
リサーチセンター米国国立医学図書館（NLM）
発売日1996年1月; 25年前 (1996-01)
アクセス
Webサイトpubmed .ncbi .nlm .nih .gov

PubMedは、主にライフサイエンスと生物医学のトピックに関する参考文献と要約のMEDLINE データベースにアクセスする無料の検索エンジンです。アメリカ国立医学図書館で（NLM）国立衛生研究所は、の一部としてデータベースを維持するのEntrezのシステム情報検索。[1]

1971年から1997年まで、MEDLINEデータベースへのオンラインアクセスは、主に大学図書館などの機関施設を介して行われました。[2] 1996年1月に最初にリリースされたPubMedは、プライベート、無料、家庭およびオフィスベースのMEDLINE検索の時代を先導しました。[3] PubMedシステムは、1997年6月から無料で一般に提供されました。[2]

コンテンツ

MEDLINEに加えて、PubMedは以下へのアクセスを提供します。

  • Index Medicusの印刷版からの古い参照、1951年以前にさかのぼる
  • Index MedicusおよびMEDLINEで索引付けされる前の一部のジャーナルへの参照。たとえば、Science、BMJ、Annals of Surgery
  • Medical Subject Headings（MeSH）で索引付けされ、MEDLINEに追加される前の、記事のレコードへのごく最近のエントリ
  • 全文およびその他のNLMレコードのサブセットで利用可能な書籍のコレクション[4]
  • PMCの引用
  • NCBI本棚

多くのPubMedレコードには、全文記事へのリンクが含まれており、その一部は無料で入手できます。多くの場合、PubMed Central [5]やEuropePubMedCentralなどのローカルミラーで利用できます。[6]

MEDLINEで索引付けされ、PubMedから入手できるジャーナルに関する情報は、NLMカタログにあります。[7]

2020年1月27日の時点で、PubMedには1966年、選択的に1865年、非常に選択的に1809年までさかのぼる3,000万件を超える引用と要約があります。同じ日付の時点で、2,000万件のPubMedのレコードが要約とともにリストされています。 2150万件のレコードにフルテキストバージョンへのリンクがあります（そのうち750万件の記事が利用可能で、フルテキストは無料です）。[8]過去10年間（2019年12月31日まで）、毎年平均100万件近くの新しいレコードが追加されました。 PubMedのレコードの約12％は、1950年代の6％から2016年には16％に増加した、がん関連のエントリに対応しています。[9] その他のかなりの割合のレコードは、「化学」（8.69％）、「治療」に対応しています。 「（8.39％）」、「感染」（5％）。[要出典]

2016年、NLMは索引付けシステムを変更し、出版社がPubMedの索引付けされた記事のタイプミスやエラーを直接修正できるようにしました。[10]

PubMedには、略奪的なジャーナルに掲載されたいくつかの記事が含まれていると報告されています。データベースに含めるジャーナルの選択に関するMEDLINEとPubMedのポリシーは少し異なります。PubMed Centralでジャーナルにインデックスを付けるための基準と手順の弱点により、略奪的なジャーナルからの出版物がPubMedにリークする可能性があります。[11]

特徴

ウェブサイトのデザイン

新しいPubMedインターフェースが2009年10月にリリースされ、このような迅速でGoogleのような検索定式化の使用が奨励されました。それらは「テレグラム」検索としても説明されています。[12]デフォルトでは、結果は最新でソートされますが、これはベストマッチ、発行日、最初の著者、最後の著者、ジャーナル、またはタイトルに変更できます。[13]

PubMed Webサイトのデザインとドメインは、2020年1月に更新され、2020年5月15日にデフォルトになり、更新された新機能が追加されました。[14]このサイトを頻繁に使用する多くの研究者から批判的な反応がありました。[15]

ハンドヘルド/モバイル用のPubMed

PubMed / MEDLINEは、ハンドヘルドデバイスを介してアクセスできます。たとえば、NLMによって作成された「PICO」オプション（焦点を絞った臨床質問用）を使用します。[16]モバイルフレンドリーで簡素化されたPubMedバージョンへのアクセスを提供する「PubMedMobile」オプションも利用できます。[17]

検索

標準検索

PubMedでの簡単な検索は、PubMedの検索ウィンドウに主題の重要な側面を入力することで実行できます。

PubMedは、この最初の検索定式化を翻訳し、フィールド名、関連するMeSH（Medical Subject Headings）用語、同義語、ブール演算子を自動的に追加し、結果の用語を適切に「ネスト」して、特に定期的に組み合わせる（ORを使用）ことにより、検索定式化を大幅に強化します。演算子）テキストワードとMeSH用語。

PubMedチュートリアル[18]に示されている例は、この自動プロセスがどのように機能するかを示しています。

原因夢遊病は、（「病因」[小見出し]または「病因」[すべてのフィールド]または「原因」[すべてのフィールド]または「因果関係」[MeSH用語]または「因果関係」[すべてのフィールド]）AND（「夢遊病」と翻訳されます。 "[MeSH用語] OR"夢遊病 "[すべてのフィールド] OR（"睡眠 "[すべてのフィールド] AND"ウォーキング "[すべてのフィールド]）OR"夢遊病 "[すべてのフィールド]）

同じく、

ソフト アタックアスピリン予防は、（ "心筋梗塞" [MeSH用語] OR（ "心筋" [すべてのフィールド] AND "梗塞" [すべてのフィールド]）OR "心筋梗塞" [すべてのフィールド] OR（ "心臓" [すべてフィールド] AND「攻撃」[すべてのフィールド]）OR「心臓発作」[すべてのフィールド]） AND （「アスピリン」[MeSH用語] OR「アスピリン」[すべてのフィールド]） AND （「予防と管理」[小見出し] OR （ "予防" [すべてのフィールド] AND "制御" [すべてのフィールド]）OR "予防と制御" [すべてのフィールド]または "予防" [すべてのフィールド]）

総合検索

PubMedで最適な検索を行うには、そのコアコンポーネントであるMEDLINE、特にMEDLINE記事のインデックス作成に使用されるMeSH（Medical Subject Headings）統制語彙を理解する必要があります。また、複雑な検索戦略、フィールド名（タグ）の使用、制限の適切な使用、およびその他の機能が必要になる場合があります。参照図書館員と検索スペシャリストが検索サービスを提供します。[19] [20]

PubMedの検索ウィンドウへの検索は、明確なトピックやMeSH見出しがまだ作成されていない新しい介入の検索、および医薬品の商用ブランドと固有名詞の検索にのみ推奨されます。適切な見出しがない場合、または記述子が部分的な側面を表す場合にも役立ちます。シソーラスMeSHを使用した検索はより正確であり、無関係な結果が少なくなります。さらに、スペル、単数形/複数形、または省略形の違いを考慮に入れる必要があるフリーテキスト検索の欠点を回避します。一方、記述子がまだ割り当てられていないデータベースに最近組み込まれた記事は見つかりません。したがって、徹底的な検索を保証するために、管理された言語の見出しとフリーテキストの用語を組み合わせて使用​​する必要があります。[21]

ジャーナル記事のパラメータ

ジャーナル記事にインデックスを付けると、多数の記事パラメータが抽出され、構造化された情報として保存されます。このようなパラメータは、記事タイプ（MeSH用語、例：「臨床試験」）、二次識別子（MeSH用語）、言語、ジャーナルの国または発行履歴（e-発行日、印刷ジャーナル発行日）です。

出版物の種類：臨床クエリ/系統的レビュー

パブリケーションタイプパラメータを使用すると、さまざまな種類の臨床研究のレポートを含む、パブリケーションのタイプで検索できます。[22]

セカンダリID

2005年7月以降、MEDLINEの記事のインデックス作成プロセスでは、記事の要約から識別子が抽出され、セカンダリ識別子（SI）と呼ばれるフィールドに配置されます。二次識別子フィールドは、分子配列データ、遺伝子発現または化合物のさまざまなデータベースへのアクセッション番号と臨床試験IDを保存することです。臨床試験の場合、PubMedは2つの最大の試験レジストリであるClinicalTrials.gov（NCT識別子）と国際標準ランダム化比較試験番号レジスタ（IRCTN識別子）の試験IDを抽出します。[23]

も参照してください

特に関連性があると判断された参考文献に印を付け、「関連記事」を特定することができます。必要に応じて、いくつかの研究を選択し、「関連データの検索」オプションを使用して、それらすべてに関連する記事を（PubMedまたは他のNCBI Entrezデータベースで）生成できます。次に、関連記事が「関連性」の順にリストされます。これらの関連記事のリストを作成するために、PubMedは、強力な単語加重アルゴリズムを使用して、各引用のタイトルと要約の単語、および割り当てられたMeSH見出しを比較します。[24]「関連記事」機能は非常に正確であると判断されたため、論文の著者は、完全な検索の代わりに使用できると示唆しました。[25]

MeSHへのマッピング

PubMedは自動的にMeSHの用語と小見出しにリンクします。例：「口臭」は「口臭」にリンクし（検索に含まれます）、「心臓発作」は「心筋梗塞」に、「乳がん」は「乳房新生物」にリンクします。必要に応じて、これらのMeSH用語は自動的に「拡張」されます。つまり、より具体的な用語が含まれます。 「看護」などの用語は、「看護[MeSH]」または「看護[小見出し]」に自動的にリンクされます。この機能は自動用語マッピングと呼ばれ、デフォルトではフリーテキスト検索で実行されますが、正確なフレーズ検索では実行されません（つまり、検索クエリを二重引用符で囲みます）。[26]この機能は、PubMed検索の感度を高め、医学用語の多様性を補うことにより、偽陰性（見逃された）ヒットを回避します。[26]

PubMedは、次の状況では用語の自動マッピングを適用しません：引用句を書く場合（例：「腎臓同種移植」）、アスタリスクで切り捨てられた場合（例：腎臓同種移植*）、フィールドラベルで検索する場合（例：がん[ti]）。[21]

私のNCBI

PubMedオプション機能「MyNCBI」（無料登録付き）は、

  • 検索の保存
  • 検索結果のフィルタリング
  • 電子メールで送信される自動更新の設定
  • PubMed検索の一部として取得された参照のセットを保存する
  • 表示形式の構成または検索用語の強調表示

と他の幅広いオプション。[27]「MyNCBI」エリアには、Webアクセスが可能な任意のコンピューターからアクセスできます。「MyNCBI」の以前のバージョンは「PubMedCubby」と呼ばれていました。[28]

LinkOut

LinkOutは、フルテキストのローカルジャーナルの保有物をリンクして利用できるようにするNLM機能です。[29]デンマークのオールボー大学からシアトルのZymoGeneticsまで、約3,200のサイト（主に学術機関）がこのNLM施設に参加しています（2010年3月現在）。[30]これらの機関のユーザーは、PubMed検索結果（ジャーナルがその機関で保持されている場合）内に機関のロゴを表示し、全文にアクセスできます。リンクアウトは、2019年夏に予定されている主要なプラットフォームアップデートの時点で、OutsideToolと統合されています。[31]

PubMed Commons

2016年、PubMedでは、記事の作成者がPubMedによってインデックス付けされた記事にコメントできるようになりました。この機能は最初にパイロットモードでテストされ（2013年以降）、2016年に永続化されました。[32] 2018年2月、「使用量が最小限にとどまっている」という事実により、PubMedCommonsは廃止されました。[33] [34]

askMEDLINE

askMEDLINEは、NLMによって開発されたMEDLINE / PubMed用のフリーテキストの自然言語クエリツールで、ハンドヘルドにも適しています。[35]

PubMed識別子

A PMIDは（PubMedの識別子又は固有の識別子をPUBMED）[36]である一意の整数値から始まる、1各PubMedのレコードに割り当てられ、。 A PMIDは同じではありませんPMCID（P UB Mは編C entralのid自由にアクセスで公開され、すべての作品のための識別子であるentifier）のPubMed Centralを。[37]

パブリケーションへのPMIDまたはPMCIDの割り当ては、コンテンツのタイプまたは品質について読者に何も伝えません。PMIDsはに割り当てられている編集者への手紙、編集の意見、論説の列、および任意のエディタを選択しますが、ジャーナルに含めることを他の作品と同様に、査読論文。識別番号の存在は、書類が詐欺、無能、または違法行為のために撤回されていないことの証拠でもありません。どの程度の発表訂正元の論文には、PMIDを割り当ててもよいです。

PubMed検索ウィンドウに入力された各番号は、デフォルトではPMIDであるかのように扱われます。したがって、PubMedの参照は、PMIDを使用して見つけることができます。

代替インターフェース

MEDLINEは、PubMedを介してアクセスできるデータベースの1つです。いくつかの企業は、自社のプラットフォームを通じてMEDLINEへのアクセスを提供しています。

国立医学図書館は、MEDLINE情報を、Embase、Ovid、Dialog、EBSCO、Knowledge Finder、およびその他の多くの商用、非商用、および学術プロバイダーなどの多くの民間ベンダーにリースしています。[38] 2008年10月の時点で、500を超えるライセンスが発行されており、そのうち200を超えるライセンスが米国外のプロバイダーに発行されています。利用MEDLINEデータにライセンスが無料で利用可能であるため、実際にはNLMは、広い範囲のための無料のテスト地面を提供[39] 、これを提供していますPubMedの、非常に少数の大規模な、専門的にキュレーションデータベースのいずれかの代替のインターフェースおよびサードパーティの追加のオプション。

Lu [39]は、インストールや登録を必要としない、現在の無料のWebベースのPubMedバージョン28のサンプルを特定しています。これらは、次の4つのカテゴリに分類されます。

  1. たとえば、検索結果のランキング：eTBLAST ; MedlineRanker; [40] MiSearch; [41]
  2. トピック、著者、ジャーナルなどによる結果のクラスタリング。例：Anne O'Tate ; [42] ClusterMed; [43]
  3. セマンティクスと視覚化の強化。例：EBIMed; [44] MedEvi。[45]
  4. 改善された検索インターフェースと検索エクスペリエンス、たとえば、askMEDLINE [46] [47] BabelMeSH; [48]およびPubCrawler。[49]

これらおよび他の代替案のほとんどは、基本的にNLM / PubMedからのライセンスに基づいてリースされたPubMed / MEDLINEデータに依存しているため、「PubMed派生物」という用語が提案されています。[39]約90GBの元のPubMedデータセットを保存する必要なしに、EricSayersによる「E-utilitiesIn-Depth：Parameters、Syntax and More」で説明されているように、誰でもeutils-applicationプログラムインターフェイスを使用してPubMedアプリケーションを作成できます。 、博士号。[50] PMID番号を入力として使用するさまざまな引用形式ジェネレーターは、eutils-applicationプログラムインターフェイスを利用するWebアプリケーションの例です。サンプルWebページには、Citation Generator-Mick Schroeder、Pubmed Citation Generator-Ultrasound of the Week、PMID2cite、およびが含まれます。私のためにこれを引用してください。

PubMedのデータマイニング

PubMedでデータをマイニングする別の方法では、Matlab、Python、Rなどのプログラミング環境を使用します。このような場合、PubMedのクエリはコード行として記述され、PubMedに渡され、応答はプログラミング環境で直接処理されます。コードを自動化して、病気、年、臓器などのさまざまなキーワードで体系的にクエリを実行できます。最近の出版物（2017）によると、PubMedのがん関連エントリの割合は1950年代の6％から2016年には16％に上昇しています。 。[9]

PubMedがアクセスできるデータは、MEDOCなどの非公式ツールを使用してローカルにミラーリングできます。[51]

何百万ものPubMedレコードが、Unpaywallなどのオープンアクセスに関するさまざまなオープンデータデータセットを補強しています。Unpaywall Journalsのようなデータ分析ツールは、大規模なキャンセルを支援するために図書館によって使用されます。図書館は、PubMedCentralのようなオープンアーカイブを介したインスタントオープンアクセスによってすでに提供されている資料の購読を回避できます。[52]

も参照してください

参考文献

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外部リンク

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