Taxonomie (biologie)

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En biologie , la taxonomie (du grec ancien de ( taxis )  « arrangement », et -νομία ( -nomia )  « méthode ») est le scientifique étude de nommage, la définition ( circonscrivant ) et la classification des groupes de biologiques organismes en fonction des caractéristiques communes. Les organismes sont regroupés en taxons (singulier : taxon) et ces groupes se voient attribuer un rang taxonomique ; les groupes d'un rang donné peuvent être agrégés pour former un groupe plus inclusif de rang plus élevé, créant ainsi une hiérarchie taxonomique. Les principaux rangs dans l'usage moderne sont le domaine , le royaume , le phylum (la division est parfois utilisée en botanique à la place du phylum ), la classe , l' ordre , la famille , le genre et l' espèce . Le botaniste suédois Carl Linnaeus est considéré comme le fondateur du système actuel de taxonomie, car il a développé un système classé connu sous le nom de taxonomie linnéenne pour catégoriser les organismes et la nomenclature binominale. pour nommer les organismes.

Avec les progrès de la théorie, des données et de la technologie analytique de la systématique biologique, le système linnéen s'est transformé en un système de classification biologique moderne destiné à refléter les relations évolutives entre les organismes, vivants et éteints.

Définition

La définition exacte de la taxonomie varie d'une source à l'autre, mais le cœur de la discipline demeure : la conception, la dénomination et la classification de groupes d'organismes. [1] À titre de référence, les définitions récentes de la taxonomie sont présentées ci-dessous :

  1. Théorie et pratique consistant à regrouper les individus en espèces, à organiser les espèces en groupes plus grands et à donner des noms à ces groupes, produisant ainsi une classification. [2]
  2. Un domaine de la science (et une composante majeure de la systématique ) qui englobe la description, l'identification, la nomenclature et la classification [3]
  3. La science de la classification, en biologie l'arrangement des organismes dans une classification [4]
  4. "La science de la classification appliquée aux organismes vivants, y compris l'étude des moyens de formation des espèces, etc." [5]
  5. "L'analyse des caractéristiques d'un organisme à des fins de classification" [6]
  6. "La systématique étudie la phylogénie pour fournir un modèle qui peut être traduit dans la classification et les noms du domaine plus inclusif de la taxonomie" (répertorié comme une définition souhaitable mais inhabituelle) [7]

Les diverses définitions placent la taxonomie comme un sous-domaine de la systématique (définition 2), inversent cette relation (définition 6) ou semblent considérer les deux termes comme synonymes. Il existe un certain désaccord quant à savoir si la nomenclature biologique est considérée comme une partie de la taxonomie (définitions 1 et 2), ou une partie de la systématique en dehors de la taxonomie. [8] Par exemple, la définition 6 est associée à la définition suivante de la systématique qui place la nomenclature en dehors de la taxonomie : [6]

  • Systématique : "L'étude de l'identification, de la taxonomie et de la nomenclature des organismes, y compris la classification des êtres vivants en fonction de leurs relations naturelles et l'étude de la variation et de l'évolution des taxons".

Tout un ensemble de termes comprenant la taxonomie, la biologie systématique , la systématique, la biosystématique , la classification scientifique, la classification biologique et la phylogénétique ont parfois des significations qui se chevauchent – ​​parfois les mêmes, parfois légèrement différentes, mais toujours liées et se recoupant. [1] [9] Le sens le plus large de "taxonomie" est utilisé ici. Le terme lui-même a été introduit en 1813 par de Candolle , dans sa Théorie élémentaire de la botanique . [dix]

Monographie et révision taxonomique

Une révision taxonomique ou une revue taxonomique est une nouvelle analyse des modèles de variation dans un taxon particulier . Cette analyse peut être exécutée sur la base de toute combinaison des divers types de caractères disponibles, tels que morphologiques, anatomiques, palynologiques, biochimiques et génétiques. Une monographieou révision complète est une révision qui est complète pour un taxon pour les informations données à un moment donné, et pour le monde entier. D'autres révisions (partielles) peuvent être restreintes dans le sens où elles peuvent n'utiliser que certains des jeux de caractères disponibles ou avoir une portée spatiale limitée. Une révision entraîne une conformation ou de nouvelles informations sur les relations entre les sous-taxons au sein du taxon à l'étude, ce qui peut entraîner un changement dans la classification de ces sous-taxons, l'identification de nouveaux sous-taxons ou la fusion de sous-taxons précédents. [11]

Taxonomie alpha et bêta

Le terme " taxonomie alpha " est principalement utilisé aujourd'hui pour désigner la discipline consistant à trouver, décrire et nommer des taxons , en particulier des espèces. [12] Dans la littérature antérieure, le terme avait un sens différent, se référant à la taxonomie morphologique et aux produits de la recherche jusqu'à la fin du 19ème siècle. [13]

William Bertram Turrill a introduit le terme "taxonomie alpha" dans une série d'articles publiés en 1935 et 1937 dans lesquels il discutait de la philosophie et des orientations futures possibles de la discipline de la taxonomie. [14]

... il existe un désir croissant parmi les taxonomistes d'envisager leurs problèmes sous un angle plus large, d'étudier les possibilités d'une coopération plus étroite avec leurs collègues cytologiques, écologiques et génétiques et de reconnaître qu'une révision ou une expansion, peut-être d'une nature radicale, de leurs objectifs et méthodes, peut être souhaitable ... Turrill (1935) a suggéré que tout en acceptant l'ancienne taxonomie inestimable, basée sur la structure, et commodément désignée "alpha", il est possible d'entrevoir une taxonomie lointaine construite sur comme large une base de faits morphologiques et physiologiques que possible, et une dans laquelle « place est trouvée pour toutes les données d'observation et expérimentales relatives, même indirectement, à la constitution, la subdivision, l'origine et le comportement des espèces et autres groupes taxonomiques ». Les idéaux peuvent,on peut dire, ne jamais être complètement réalisé. Ils ont, cependant, une grande valeur d'agir comme des stimulants permanents, et si nous avons un idéal, même vague, d'une taxonomie « oméga », nous pouvons progresser un peu dans l'alphabet grec. Certains d'entre nous se plaisent à penser qu'ils tâtonnent maintenant dans une taxonomie « bêta ».[14]

Turrill exclut ainsi explicitement de la taxonomie alpha divers domaines d'étude qu'il inclut dans la taxonomie dans son ensemble, tels que l'écologie, la physiologie, la génétique et la cytologie. Il exclut en outre la reconstruction phylogénétique de la taxonomie alpha. [15]

Les auteurs ultérieurs ont utilisé le terme dans un sens différent, pour désigner la délimitation d'espèces (pas de sous-espèces ou de taxons d'autres rangs), en utilisant toutes les techniques d'enquête disponibles, y compris des techniques informatiques ou de laboratoire sophistiquées. [16] [12] Ainsi, Ernst Mayr a défini en 1968 la « taxonomie bêta » comme la classification des rangs supérieurs aux espèces. [17]

La compréhension de la signification biologique de la variation et de l'origine évolutive des groupes d'espèces apparentées est encore plus importante pour la deuxième étape de l'activité taxonomique, le tri des espèces en groupes d'espèces apparentées (« taxons ») et leur disposition dans une hiérarchie de catégories supérieures. Cette activité est ce que le terme classification désigne ; on l'appelle aussi "taxonomie bêta".

Microtaxonomie et macrotaxonomie

La façon dont les espèces devraient être définies dans un groupe particulier d'organismes soulève des problèmes pratiques et théoriques que l'on appelle le problème des espèces . Le travail scientifique consistant à décider comment définir les espèces a été appelé microtaxonomie. [18] [19] [12] Par extension, la macrotaxonomie est l'étude des groupes au sous-genre des rangs taxonomiques supérieurs et au-dessus. [12]

Histoire

Alors que certaines descriptions de l'histoire taxonomique tentent de dater la taxonomie des civilisations anciennes, une véritable tentative scientifique de classification des organismes n'a eu lieu qu'au XVIIIe siècle. Les travaux antérieurs étaient principalement descriptifs et axés sur les plantes utiles en agriculture ou en médecine. Il y a plusieurs étapes dans cette réflexion scientifique. La taxonomie ancienne était basée sur des critères arbitraires, les soi-disant « systèmes artificiels », y compris le système de classification sexuelle des plantes de Linnaeus (Bien sûr, la classification des animaux de Linnaeus était intitulée « Systema Naturae » (« le système de la nature »), impliquant que lui, au moins, croyait que c'était plus qu'un "système artificiel"). Plus tard sont venus des systèmes basés sur une prise en compte plus complète des caractéristiques des taxons, dénommés "systèmes naturels », tels que ceux dede Jussieu (1789), de Candolle (1813) et Bentham et Hooker (1862-1863). Ces classifications décrivaient des modèles empiriques et étaient pré- évolutives dans la pensée. La publication de Charles Darwin « s L'Origine des espèces (1859) a conduit à une nouvelle explication de classifications, sur la base des relations d' évolution. C'était le concept des systèmes phylétiques , à partir de 1883. Cette approche est caractérisée par celles d' Eichler (1883) et d' Engler (1886-1892). L'avènement de la méthodologie cladistique dans les années 1970 a conduit à des classifications fondées sur le seul critère de la monophylie , appuyée par la présence desynapomorphies . Depuis lors, la base probante a été élargie avec des données de génétique moléculaire qui complètent pour la plupart la morphologie traditionnelle . [20] [ page nécessaire ] [21] [ page nécessaire ] [22] [ page nécessaire ]

Pré-linnéen

Les premiers taxonomistes

Nommer et classer l'environnement humain a probablement commencé avec l'apparition du langage . Distinguer les plantes vénéneuses des plantes comestibles fait partie intégrante de la survie des communautés humaines . Des illustrations de plantes médicinales apparaissent dans les peintures murales égyptiennes de c. 1500 avant JC, indiquant que les utilisations des différentes espèces étaient comprises et qu'une taxonomie de base était en place. [23]

Antiquité

Description des animaux rares (写生珍禽图), par le peintre de la dynastie Song Huang Quan (903-965)

Les organismes ont été classés pour la première fois par Aristote ( Grèce , 384-322 av. J.-C.) lors de son séjour sur l' île de Lesbos . [24] [25] [26] Il a classé les êtres selon leurs parties, ou en termes modernes d' attributs , tels qu'avoir une naissance vivante, avoir quatre pattes, pondre des œufs, avoir du sang ou avoir un corps chaud. [27] Il a divisé tous les êtres vivants en deux groupes : les plantes et les animaux. [25] Certains de ses groupes d'animaux, comme Anhaima (animaux sans sang, traduits par invertébrés ) et Enhaima (animaux avec du sang, en gros les vertébrés), ainsi que des groupes comme les requins et les cétacés , sont encore couramment utilisés aujourd'hui. [28] Son élève Théophraste (Grèce, 370-285 av. J.-C.) a perpétué cette tradition, mentionnant quelque 500 plantes et leurs utilisations dans son Historia Plantarum . Encore une fois, plusieurs groupes de plantes actuellement encore reconnus peuvent être attribués à Theophraste, tels que Cornus , Crocus et Narcissus . [25]

Médiéval

La taxonomie au Moyen Age a été en grande partie basée sur le système aristotélicien , [27] avec des ajouts concernant l'ordre philosophique et existentiel des créatures. Cela comprenait des concepts tels que la grande chaîne de l'être dans la tradition scolastique occidentale , [27] encore une fois dérivant en fin de compte d'Aristote. Le système aristotélicien n'a pas classé les plantes ou les champignons , en raison du manque de microscopes à l'époque, [26] car ses idées étaient basées sur l'organisation du monde complet en un seul continuum, selon la scala naturae (l'échelle naturelle). [25]Ceci, aussi, a été pris en considération dans la Grande chaîne de l'être. [25] Des avancées ont été faites par des érudits tels que Procope , Timothée de Gaza , Demetrios Pepagomenos et Thomas d'Aquin . Les penseurs médiévaux ont utilisé des catégorisations philosophiques et logiques abstraites plus adaptées à la philosophie abstraite qu'à la taxonomie pragmatique. [25]

Renaissance et début de l'époque moderne

Au cours de la Renaissance et du Siècle des Lumières , la catégorisation des organismes est devenue plus répandue [25] et les travaux taxonomiques sont devenus suffisamment ambitieux pour remplacer les textes anciens. Cela est parfois attribué au développement de lentilles optiques sophistiquées, qui ont permis d'étudier beaucoup plus en détail la morphologie des organismes. L'un des premiers auteurs à tirer parti de ce saut technologique était le médecin italien Andrea Cesalpino (1519-1603), qui a été appelé « le premier taxonomiste ». [29] Son magnum opus De Plantis est sorti en 1583 et décrit plus de 1500 espèces végétales. [30] [31]Deux grandes familles de plantes qu'il a d'abord reconnues sont encore utilisées aujourd'hui : les Astéracées et les Brassicacées . [32] Puis, au XVIIe siècle, John Ray ( Angleterre , 1627-1705) a écrit de nombreux ouvrages taxonomiques importants. [26] Sans doute son plus grand accomplissement était Methodus Plantarum Nova (1682), [33] dans lequel il a publié des détails de plus de 18 000 espèces végétales. À l'époque, ses classifications étaient peut-être les plus complexes jamais produites par un taxonomiste, car il basait ses taxons sur de nombreux caractères combinés. Les prochains grands travaux taxonomiques ont été produits par Joseph Pitton de Tournefort (France, 1656-1708). [34]Son œuvre de 1700, Institutiones Rei Herbariae , comprenait plus de 9000 espèces dans 698 genres, qui ont directement influencé Linnaeus, car c'était le texte qu'il utilisait lorsqu'il était jeune étudiant. [23]

L'ère linnéenne

Page de titre de Systema Naturae , Leyde, 1735

Le botaniste suédois Carl Linnaeus (1707-1778) [27] a inauguré une nouvelle ère de taxonomie. Avec ses œuvres majeures Systema Naturae 1ère édition en 1735, [35] Species Plantarum en 1753, [36] et Systema Naturae 10e édition , [37] il a révolutionné la taxonomie moderne. Ses travaux ont mis en œuvre un système de nommage binomial standardisé pour les espèces animales et végétales, [38]qui s'est avéré être une solution élégante à une littérature taxonomique chaotique et désorganisée. Il a non seulement introduit la norme de classe, d'ordre, de genre et d'espèce, mais a également permis d'identifier les plantes et les animaux à partir de son livre, en utilisant les plus petites parties de la fleur. [38] Ainsi, le système linnéen est né et est encore utilisé essentiellement de la même manière aujourd'hui qu'au XVIIIe siècle. [38] Actuellement, les taxonomistes végétaux et animaux considèrent le travail de Linnaeus comme le "point de départ" pour les noms valides (à 1753 et 1758 respectivement). [39] Les noms publiés avant ces dates sont appelés "pré-linnéens", et ne sont pas considérés comme valides (à l'exception des araignées publiées dans Svenska Spindlar [40]). Même les noms taxonomiques publiés par Linné lui-même avant ces dates sont considérés comme pré-linnéens. [23]

Système moderne de classification

Evolution des vertébrés au niveau de la classe, largeur des fuseaux indiquant le nombre de familles. Les diagrammes de broche sont typiques de la taxonomie évolutive
La même relation, exprimée sous la forme d'un cladogramme typique de la cladistique

Un modèle de groupes imbriqués au sein des groupes a été spécifié par les classifications de Linné de plantes et d' animaux, et ces modèles ont commencé à être représentée comme dendrogrammes des animaux et des plantes royaumes vers la fin du 18ème siècle, bien avant que Charles Darwin sur l'origine des espèces a été publié. [26] Le modèle du "Système Naturel" n'impliquait pas un processus générateur, tel que l'évolution, mais peut l'avoir impliqué, inspirant les premiers penseurs transmutationnistes. Parmi les premières œuvres qui explorent l'idée d'une transformation des espèces étaient Erasmus Darwin « s (grand - père de Charles Darwin) 1796 Zoonomie et Jean-Baptiste Lamarck » sPhilosophie Zoologique de 1809. [12] L'idée a été popularisée dans le monde anglophone par le spéculatif mais largement lu Vestiges of the Natural History of Creation , publié anonymement par Robert Chambers en 1844. [41]

Avec la théorie de Darwin, une acceptation générale est rapidement apparue qu'une classification devrait refléter le principe darwinien de descendance commune . [42] Les représentations d' arbre de vie sont devenues populaires dans les travaux scientifiques, avec des groupes de fossiles connus incorporés. L'un des premiers groupes modernes liés aux ancêtres fossiles était les oiseaux . [43] En utilisant les fossiles alors nouvellement découverts d' Archeopteryx et Hesperornis , Thomas Henry Huxley a déclaré qu'ils avaient évolué à partir de dinosaures, un groupe officiellement nommé par Richard Owen en 1842. [44] [45]La description qui en résulte, celle des dinosaures « donnant naissance à » ou étant « les ancêtres des » oiseaux, est la marque essentielle de la pensée taxonomique évolutionniste . Alors que de plus en plus de groupes de fossiles ont été découverts et reconnus à la fin du XIXe et au début du XXe siècle, les paléontologues ont travaillé pour comprendre l'histoire des animaux à travers les âges en reliant les groupes connus. [46] Avec la synthèse évolutionniste moderne du début des années 1940, une compréhension essentiellement moderne de l'évolution des grands groupes était en place. Comme la taxonomie évolutive est basée sur les rangs taxonomiques linnéens, les deux termes sont largement interchangeables dans l'usage moderne. [47]

La méthode cladistique a émergé depuis les années 1960. [42] En 1958, Julian Huxley a utilisé le terme vêtu e. [12] Plus tard, en 1960, Cain et Harrison ont introduit le terme cladistique . [12] Le trait saillant est l'organisation des taxons dans un arbre évolutif hiérarchique , avec le desideratum que tous les taxons nommés soient monophylétiques. [42] Un taxon est dit monophylétique s'il comprend tous les descendants d'une forme ancestrale. [48] [49] Les groupes dont les groupes descendants sont retirés sont appelés paraphylétiques , [48]tandis que les groupes représentant plus d'une branche de l'arbre de vie sont appelés polyphylétiques . [48] [49] Les groupes monophylétiques sont reconnus et diagnostiqués sur la base de synapomorphies , états de caractères dérivés partagés. [50]

Les classifications cladistiques sont compatibles avec la taxonomie linnéenne traditionnelle et les codes de nomenclature zoologique et botanique . [51] Un système alternatif de nomenclature, le Code international de nomenclature phylogénétique ou PhyloCode a été proposé, dont l'intention est de réglementer la dénomination formelle des clades. [52] [53] Les rangs linnéens seront facultatifs sous le PhyloCode , qui est destiné à coexister avec les codes actuels basés sur les rangs. [53] Reste à savoir si la communauté systématique adoptera le PhyloCode ou le rejeter en faveur des systèmes actuels de nomenclature qui ont été employés (et modifiés au besoin) depuis plus de 250 ans.

Royaumes et domaines

Le schéma de base de la classification moderne. De nombreux autres niveaux peuvent être utilisés ; domaine, le plus haut niveau de la vie, est à la fois nouveau et contesté.

Bien avant Linnaeus, les plantes et les animaux étaient considérés comme des royaumes séparés. [54] Linnaeus l'a utilisé comme premier rang, divisant le monde physique en règnes végétal, animal et minéral. Au fur et à mesure que les progrès de la microscopie ont rendu possible la classification des micro-organismes, le nombre de règnes a augmenté, les systèmes à cinq et six règnes étant les plus courants.

Les domaines sont un groupe relativement nouveau. D' abord proposé en 1977, Carl Woese de » système à trois domaines n'a pas été généralement admis que plus tard. [55] Une caractéristique principale de la méthode à trois domaines est la séparation des archées et des bactéries , précédemment regroupées en un seul règne Bactéries (un règne aussi parfois appelé Monera ), [54] avec les eucaryotes pour tous les organismes dont les cellules contiennent un noyau . [56] Un petit nombre de scientifiques incluent un sixième royaume, Archaea, mais n'acceptent pas la méthode du domaine. [54]

Thomas Cavalier-Smith , qui a beaucoup publié sur la classification des protistes , récemment [ quand ? ] ont proposé que les Neomura , le clade qui regroupe les Archaea et les Eucarya , auraient évolué à partir de Bactéries, plus précisément d' Actinobactéries . Sa classification de 2004 traitait les archéobactéries comme faisant partie d'un sous-royaume du royaume des bactéries, c'est-à-dire qu'il rejetait entièrement le système à trois domaines. [57] Stefan Luketa a proposé en 2012 un système à cinq "dominions", ajoutant Prionobiota (acellulaire et sans acide nucléique) et Virusobiota(acellulaire mais avec acide nucléique) aux trois domaines traditionnels. [58]

Linné
1735 [59]
Haeckel
1866 [60]
Chatton
1925 [61]
Copeland
1938 [62]
Whittaker
1969 [63]
Woese et al.
1990 [64]
Cavalier Smith
1998 [57]
Cavalier-Smith
2015 [65]
2 royaumes 3 royaumes 2 empires 4 royaumes 5 royaumes 3 domaines 2 empires, 6 royaumes 2 empires, 7 royaumes
(Non traité) Protiste Procaryote Monera Monera Bactéries Bactéries Bactéries
Archées Archées
eucaryote Protoctiste Protiste Eucarya Protozoaires Protozoaires
Chromiste Chromiste
Végétal Plantes Plantes Plantes Plantes Plantes
Champignons Champignons Champignons
Animalia Animalia Animalia Animalia Animalia Animalia

Classifications complètes récentes

Des classifications partielles existent pour de nombreux groupes individuels d'organismes et sont révisées et remplacées à mesure que de nouvelles informations deviennent disponibles; cependant, les traitements complets et publiés de la plupart ou de toute la vie sont plus rares; des exemples récents sont celui d'Adl et al., 2012 et 2019, [66] [67] qui couvre les eucaryotes uniquement avec un accent sur les protistes, et Ruggiero et al., 2015, [68] couvrant à la fois les eucaryotes et les procaryotes au rang de Ordre, bien que les deux excluent les représentants fossiles. [68] Une compilation séparée (Ruggiero, 2014) [69] couvre les taxons existants au rang de famille. D'autres traitements basés sur des bases de données comprennent l' Encyclopédie de la vie , leGlobal Biodiversity Information Facility , la base de données taxonomique NCBI , le Registre provisoire des genres marins et non marins , l' Open Tree of Life et le Catalogue of Life . La base de données de paléobiologie est une ressource pour les fossiles.

Candidature

La taxonomie biologique est une sous-discipline de la biologie et est généralement pratiquée par des biologistes connus sous le nom de "taxonomistes", bien que des naturalistes enthousiastes soient également fréquemment impliqués dans la publication de nouveaux taxons. [70] Parce que la taxonomie vise à décrire et organiser la vie , les travaux menés par les taxonomistes sont essentiels pour l'étude de la biodiversité et du domaine résultant de la biologie de la conservation . [71] [72]

Classification des organismes

La classification biologique est un élément essentiel du processus taxonomique. En conséquence, il informe l'utilisateur de ce que les parents du taxon sont supposés être. La classification biologique utilise des rangs taxonomiques, y compris entre autres (dans l'ordre du plus inclusif au moins inclusif) : Domaine , Royaume , Embranchement , Classe , Ordre , Famille , Genre , Espèce et Souche . [73] [note 1]

Descriptions taxonomiques

La « définition » d'un taxon est encapsulée par sa description ou son diagnostic ou par les deux combinés. Il n'y a pas de règles fixes régissant la définition des taxons, mais la désignation et la publication de nouveaux taxons sont régies par des ensembles de règles. [8] En zoologie , la nomenclature pour les rangs les plus couramment utilisés ( superfamille à sous-espèce ), est réglementée par le Code international de nomenclature zoologique ( Code ICZN ). [74] Dans les domaines de la phycologie , de la mycologie et de la botanique , la dénomination des taxons est régie par leCode international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes ( ICN ). [75]

La description initiale d'un taxon implique cinq exigences principales : [76]

  1. Le taxon doit recevoir un nom basé sur les 26 lettres de l'alphabet latin (un binôme pour les nouvelles espèces, ou uninominal pour les autres rangs).
  2. Le nom doit être unique (c'est-à-dire pas un homonyme ).
  3. La description doit être basée sur au moins un spécimen type portant un nom .
  4. Il doit inclure des déclarations sur les attributs appropriés soit pour décrire (définir) le taxon soit pour le différencier d'autres taxons (le diagnostic, Code ICZN , Article 13.1.1, ICN , Article 38). Les deux codes séparent délibérément la définition du contenu d'un taxon (sa circonscription ) de la définition de son nom.
  5. Ces quatre premières exigences doivent être publiées dans un ouvrage pouvant être obtenu en de nombreux exemplaires identiques, en tant que dossier scientifique permanent.

Cependant, beaucoup plus d'informations sont souvent incluses, comme l'aire de répartition géographique du taxon, les notes écologiques, la chimie, le comportement, etc. La façon dont les chercheurs parviennent à leurs taxons varie : selon les données disponibles et les ressources, les méthodes varient d'un simple quantitatif ou qualitatif. comparaisons de caractéristiques frappantes, pour élaborer des analyses informatiques de grandes quantités de données de séquences d'ADN . [77]

Citation de l'auteur

Une « autorité » peut être placée après un nom scientifique. [78] L'autorité est le nom du ou des scientifiques qui ont le premier validement publié le nom. [78] Par exemple, en 1758, Linnaeus a donné à l' éléphant d'Asie le nom scientifique Elephas maximus , de sorte que le nom est parfois écrit « Elephas maximus Linnaeus, 1758 ». [79] Les noms d'auteurs sont fréquemment abrégés : l'abréviation L., pour Linnaeus, est couramment utilisée. En botanique, il existe en effet une liste réglementée d'abréviations standards (voir liste des botanistes par abréviation d'auteur ). [80] Le système d'attribution des autorités diffère légèrement entrebotanique et zoologie . [8] Cependant, il est standard que si le genre d'une espèce a été modifié depuis la description originale, le nom de l'autorité originale est placé entre parenthèses. [81]

Phénétique

En phénétique, également connue sous le nom de taximétrie ou taxonomie numérique, les organismes sont classés en fonction de leur similarité globale, indépendamment de leur phylogénie ou de leurs relations évolutives. [12] Il en résulte une mesure de la "distance" évolutive entre les taxons. Les méthodes phénétiques sont devenues relativement rares à l'époque moderne, largement remplacées par les analyses cladistiques, car les méthodes phénétiques ne distinguent pas les traits ancestraux communs (ou plésiomorphes ) des nouveaux traits communs (ou apomorphes). [82] Cependant, certaines méthodes phénétiques, telles que la jointure par les voisins , ont trouvé leur place dans la cladistique, comme une approximation raisonnable de la phylogénie lorsque des méthodes plus avancées (telles que l'inférence bayésienne ) sont trop coûteuses en termes de calcul.[83]

Bases de données

La taxonomie moderne utilise des technologies de base de données pour rechercher et cataloguer des classifications et leur documentation. [84] Bien qu'il n'y ait pas de base de données couramment utilisée, il existe des bases de données complètes telles que le Catalogue de la vie , qui tente de répertorier toutes les espèces documentées. [85] Le catalogue répertoriait 1,64 million d'espèces pour tous les royaumes en avril 2016, revendiquant la couverture de plus des trois quarts des espèces estimées connues de la science moderne. [86]

Voir aussi

Remarques

  1. ^ Ce système de classement peut être rappelé par le mnémonique "Les rois jouent-ils aux échecs sur des ensembles de verre fin?"

Références

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