PubMed Central

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PubMed Central
ProducteurBibliothèque nationale de médecine des États-Unis (États-Unis)
Histoire2000 à aujourd'hui
Accès
CoûtLibérer
Couverture
DisciplinesMédicament
Profondeur d'enregistrementIndex, résumé et texte intégral
Couverture des formatsArticles de journaux
Liens
Site Internethttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/
Liste(s) de titreshttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/

PubMed Central ( PMC ) est un dépôt numérique gratuit qui archive les articles savants en texte intégral en libre accès qui ont été publiés dans des revues biomédicales et des sciences de la vie . En tant que l'une des principales bases de données de recherche développées par le National Center for Biotechnology Information (NCBI), PubMed Central est plus qu'un référentiel de documents. Les soumissions à PMC sont indexées et formatées pour des métadonnées améliorées , une ontologie médicale et des identifiants uniques qui enrichissent les données structurées XML pour chaque article. [1] Le contenu de PMC peut être lié à d'autres bases de données NCBI et accessible viaEntrez des systèmes de recherche et de récupération, améliorant encore la capacité du public à découvrir, lire et développer ses connaissances biomédicales. [2]

PubMed Central est distinct de PubMed . [3] PubMed Central est une archive numérique gratuite d'articles complets, accessible à n'importe qui de n'importe où via un navigateur Web (avec diverses dispositions pour la réutilisation). Inversement, bien que PubMed soit une base de données consultable de citations et de résumés biomédicaux, l'article en texte intégral réside ailleurs (en version imprimée ou en ligne, gratuitement ou derrière un mur payant d' abonnés ).

En décembre 2018 , les archives de PMC contenaient plus de 5,2 millions d'articles, [4] avec des contributions provenant d'éditeurs ou d'auteurs déposant leurs manuscrits dans le référentiel conformément à la politique d'accès public des NIH . Des données antérieures montrent que de janvier 2013 à janvier 2014, les dépôts initiés par les auteurs ont dépassé 103 000 articles sur une période de 12 mois. [5] PMC identifie environ 4 000 revues qui participent dans une certaine mesure au dépôt de leur contenu publié dans le référentiel PMC. [6]Certains éditeurs retardent la publication de leurs articles sur PubMed Central pendant une durée déterminée après la publication, appelée « période d'embargo », allant de quelques mois à quelques années selon les revues. (Les embargos de six à douze mois sont les plus courants.) PubMed Central est un exemple clé de « distribution externe systématique par un tiers », [7] qui est toujours interdite par les accords de contributeur de nombreux éditeurs.

Adoption

Lancé en février 2000, le référentiel s'est développé rapidement car la politique d'accès public des NIH est conçue pour rendre toutes les recherches financées par les National Institutes of Health (NIH) librement accessibles à tous et, en outre, de nombreux éditeurs travaillent en coopération avec les NIH. de donner libre accès à leurs œuvres. Fin 2007, la Consolidated Appropriations Act de 2008 (HR 2764) a été promulguée et comprenait une disposition obligeant le NIH à modifier ses politiques et à exiger l'inclusion dans PubMed Central de copies électroniques complètes de leurs recherches évaluées par des pairs et des conclusions des NIH financés. recherche. Ces articles doivent être inclus dans les 12 mois suivant la publication. C'est la première fois que le gouvernement américain demande à une agence de fournir un accès ouvertà la recherche et est une évolution de la politique de 2005, dans laquelle le NIH a demandé aux chercheurs d'ajouter volontairement leur recherche à PubMed Central. [8]

Une version britannique du système PubMed Central, UK PubMed Central (UKPMC) , a été développée par le Wellcome Trust et la British Library dans le cadre d'un groupe de neuf bailleurs de fonds britanniques. Ce système a été mis en service en janvier 2007. Le 1er novembre 2012, il est devenu Europe PubMed Central . Le membre canadien du réseau PubMed Central International, PubMed Central Canada , a été lancé en octobre 2009.

Le langage de balisage d' articles de journaux "NLM Journal Publishing Tag Set" de la National Library of Medicine est disponible gratuitement. [9] L' Association des éditeurs de sociétés savantes et professionnelles commente qu'"il est susceptible de devenir la norme pour la préparation du contenu scientifique à la fois pour les livres et les revues". [10] Une DTD connexe est disponible pour les livres. [11] La Bibliothèque du Congrès et la British Library ont annoncé leur soutien à la NLM DTD. [12] Il a également été populaire auprès des fournisseurs de services de revues. [13]

Avec la publication de plans d'accès public pour de nombreuses agences au-delà des NIH, PMC est en train de devenir le référentiel d'une plus grande variété d'articles. [14] Cela inclut le contenu de la NASA, avec l'interface marquée comme "PubSpace". [15] [16]

Technologie

Les articles sont envoyés à PubMed Central par les éditeurs en XML ou SGML , en utilisant une variété de DTD d' articles . Les éditeurs plus anciens et plus grands peuvent avoir leurs propres DTD internes, mais de nombreux éditeurs utilisent la DTD NLM Journal Publishing (voir ci-dessus).

Les articles reçus sont convertis via XSLT vers la DTD d'archivage et d'échange NLM très similaire. Ce processus peut révéler des erreurs qui sont signalées à l'éditeur pour correction. Les graphiques sont également convertis en formats et tailles standard. Les formulaires originaux et convertis sont archivés. Le formulaire converti est déplacé dans une base de données relationnelle, avec les fichiers associés pour les graphiques, le multimédia ou d'autres données associées. De nombreux éditeurs fournissent également des PDF de leurs articles, et ceux-ci sont mis à disposition sans modification. [17]

Les citations bibliographiques sont analysées et automatiquement liées aux résumés pertinents dans PubMed, aux articles dans PubMed Central et aux ressources sur les sites Web des éditeurs. Les liens PubMed mènent également à PubMed Central. Les références insolubles, telles que des revues ou des articles particuliers non encore disponibles dans l'une de ces sources, sont suivies dans la base de données et sont automatiquement mises en ligne lorsque les ressources deviennent disponibles.

Un système d'indexation interne offre une capacité de recherche et connaît la terminologie biologique et médicale , telle que les noms de médicaments génériques ou exclusifs, et les noms alternatifs pour les organismes, les maladies et les parties anatomiques.

Lorsqu'un utilisateur accède à un numéro de revue, une table des matières est automatiquement générée en récupérant tous les articles, lettres, éditoriaux, etc. pour ce numéro. Lorsqu'un élément réel tel qu'un article est atteint, PubMed Central convertit le balisage NLM en HTML pour la livraison et fournit des liens vers des objets de données associés. Ceci est possible car la variété des données entrantes a d'abord été convertie en DTD et formats graphiques standard.

Dans un flux de soumission séparé, les auteurs financés par les NIH peuvent déposer des articles dans PubMed Central à l'aide de la soumission de manuscrits des NIH (NIHMS). Les articles ainsi soumis passent généralement par le balisage XML afin d'être convertis en DTD NLM.

Réception

Les réactions à PubMed Central au sein de la communauté de l'édition savante vont d'un véritable enthousiasme chez certains [18] à une inquiétude prudente chez d'autres. [19]

Alors que PMC est un partenaire bienvenu pour les éditeurs en libre accès dans sa capacité à augmenter la découverte et la diffusion des connaissances biomédicales, cette même vérité amène d'autres à s'inquiéter du trafic détourné de la version publiée de l'enregistrement , des conséquences économiques d'un lectorat réduit, ainsi que comme effet sur le maintien d'une communauté de savants au sein des sociétés savantes. [20] [21] Une analyse de 2013 a trouvé des preuves solides que les dépôts publics d'articles publiés étaient responsables « d'éloigner un nombre important de lecteurs des sites Web de revues » et que « l'effet de PMC augmente avec le temps ». [22]

Les bibliothèques, les universités, les partisans du libre accès, les groupes de défense de la santé des consommateurs et les organisations de défense des droits des patients ont applaudi PubMed Central et espèrent voir des référentiels d'accès public similaires développés par d'autres agences de financement fédérales afin de partager librement toutes les publications de recherche résultant du soutien des contribuables. . [23]

L'étude d'Antelman sur l'édition en libre accès a révélé qu'en philosophie, en sciences politiques, en génie électrique et électronique et en mathématiques, les articles en libre accès avaient un plus grand impact sur la recherche. [24] Un essai randomisé a révélé une augmentation des téléchargements de contenu d'articles en libre accès, sans avantage de citation par rapport à l'accès par abonnement un an après la publication. [25]

La politique du NIH et le travail de référentiel en libre accès ont inspiré une directive présidentielle de 2013 qui a également suscité des actions dans d'autres agences fédérales.

En mars 2020, PubMed Central a accéléré ses procédures de dépôt du texte intégral des publications sur le coronavirus . Le NLM l'a fait à la demande du Bureau de la politique scientifique et technologique de la Maison Blanche et de scientifiques internationaux pour améliorer l'accès des scientifiques, des prestataires de soins de santé, des innovateurs en matière d'exploration de données , des chercheurs en soins de santé en IA et du grand public. [26]

PMCID

Le PMCID (PubMed Central identifier), également appelé numéro de référence PMC, est un identifiant bibliographique de la base de données PubMed Central, tout comme le PMID est l'identifiant bibliographique de la base de données PubMed . Les deux identifiants sont cependant distincts. Il se compose de "PMC" suivi d'une chaîne de sept chiffres. Le format est le suivant : [27]

  • PMCID : PMC1852221

Les auteurs qui postulent pour les prix NIH doivent inclure le PMCID dans leur candidature.

Voir aussi

Références

  1. ^ Beck J (2010). « Rapport du terrain : PubMed Central, une archive basée sur XML d'articles de revues des sciences de la vie ». Actes du Symposium international sur XML pour le long terme : enjeux de la préservation à long terme de XML . 6 . doi : 10.4242/BalisageVol6.Beck01 . ISBN 978-1-935958-02-4.
  2. ^ Maloney C, Sequeira E, Kelly C, Orris R, Beck J (5 décembre 2013). PubMed Central . Centre national d'information sur la biotechnologie (États-Unis).
  3. ^ "MEDLINE, PubMed et PMC (PubMed Central) : en quoi sont-ils différents ?" . www.nlm.nih.gov . 9 septembre 2019.
  4. ^ « Ouverture par défaut », Inside Higher Ed , 16 janvier 2017.
  5. ^ "Statistiques du NIHMS" . nihms.nih.gov .
  6. ^ "Accueil - PMC - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov .
  7. ^ Ouerfelli N. "Droits d'auteur: de quoi s'agit-il" (PDF) .
  8. ^ "L'accès du public à la recherche du NIH a fait la loi" . Codex scientifique . 2007. Archivé de l'original le 4 mars 2016 . Consulté le 6 novembre 2013 .
  9. ^ "Ensemble d'étiquettes d'édition de journal" . Centre national d'information sur la biotechnologie . Consulté le 6 novembre 2013 .
  10. ^ D français (4 août 2006). « Mise à jour de la technologie ALPSP : un format de document XML standard : les arguments en faveur de l'adoption de la DTD NLM » . ALPSP . Consulté le 6 novembre 2013 .
  11. ^ "Ensemble d'étiquettes de livre NCBI" . dtd.nlm.nih.gov .
  12. ^ "Nouvelles de la Bibliothèque du Congrès" . Bibliothèque du Congrès . 19 avril 2006 . Consulté le 6 novembre 2013 .
  13. ^ "Inera Inc. - Ressources NLM DTD" . 19 février 2013. Archivé de l'original le 2013-02-19.
  14. ^ "Les plans d'accès public des agences fédérales américaines" . cendi.gov .
  15. ^ Kovo Y (22 juillet 2016). "Accès public aux résultats de la recherche financée par la NASA" . nasa.gov . Archivé de l'original le 19 août 2016.
  16. ^ "La NASA dans PMC" . preview.ncbi.nlm.nih.gov .
  17. ^ NLM Journal Archiving and Interchange Tag Suite , Centre national d'information biotechnique, Bibliothèque nationale de médecine
  18. ^ "PLOS applaudit le Congrès pour l'action sur l'accès ouvert" . Archivé de l'original le 2016-05-07 . Récupéré le 07/02/2014 .
  19. ^ "Soumission de l'ACS au Bureau de la politique scientifique et technologique Demande d'informations sur l'accès public aux publications savantes évaluées par les pairs résultant de la recherche financée par le gouvernement fédéral" (PDF) . Bureau de la politique scientifique et technologique . Récupéré le 07/02/2014 – via les Archives nationales .
  20. ^ Davis PM (octobre 2012). « L'effet du dépôt public d'articles scientifiques sur le lectorat ». Le Physiologiste . 55 (5) : 161, 163-5. PMID 23155924 . 
  21. ^ Davis PM (juillet 2013). "L'accessibilité publique des articles biomédicaux de PubMed Central réduit le lectorat des revues - analyse de cohorte rétrospective" . Revue FASEB . 27 (7) : 2536–41. doi : 10.1096/fj.13-229922 . PMC 3688741 . PMID 23554455 .  
  22. ^ Davis PM (juillet 2013). "L'accessibilité publique des articles biomédicaux de PubMed Central réduit le lectorat des revues - analyse de cohorte rétrospective" . Revue FASEB . 27 (7) : 2536–41. doi : 10.1096/fj.13-229922 . PMC 3688741 . PMID 23554455 .  
  23. ^ « Autism Speaks annonce une nouvelle politique pour donner aux familles un accès facile et gratuit aux principaux résultats de la recherche - Communiqué de presse - Autism Speaks » . www.autismspeaks.org . 25 juillet 2012.
  24. ^ Antelman, Kristin (2004). « Les articles en libre accès ont-ils un plus grand impact sur la recherche ? » . Bibliothèques universitaires et de recherche . 65 (5) : 372-382. doi : 10.5860/crl.65.5.372 ., résumé par Stemper J, Williams K (2006). "Communication savante : Transformer la crise en opportunité" . Nouvelles des bibliothèques universitaires et de recherche . 67 (11) : 692-696. doi : 10.5860/crln.67.11.7720 .
  25. ^ Davis PM, Lewenstein BV, Simon DH, Booth JG, Connolly MJ (juillet 2008). « Publication en libre accès, téléchargements d'articles et citations : essai contrôlé randomisé » . BMJ . 337 : a568. doi : 10.1136/bmj.a568 . PMC 2492576 . PMID 18669565 .  
  26. ^ "La Bibliothèque nationale de médecine étend l'accès à la littérature sur les coronavirus via PubMed Central" . Instituts nationaux de la santé (NIH) . 2020-03-25 . Récupéré le 2020-03-31 . Pour soutenir cette initiative, NLM adapte ses procédures standard de dépôt d'articles dans PMC pour offrir une plus grande flexibilité qui garantira que la recherche sur les coronavirus est facilement disponible.
  27. ^ "Inclure PMCID dans les citations | publicaccess.nih.gov" . publicaccess.nih.gov . Récupéré le 01/07/2017 .

Liens externes