Panel de control de productos químicos CompTox

De Wikipedia, la enciclopedia libre
Ir a navegación Saltar a buscar
Panel de control de productos químicos CompTox
Panel de control image.gif
Contenido
DescripciónBase de datos de productos químicos dirigida a las ciencias ambientales y que brinda acceso a más de 875,000 compuestos químicos, propiedades, datos de bioensayos e información asociada. Búsquedas
Contacto
Centro de InvestigaciónAgencia de Protección Ambiental
Laboratorio
  • Centro Nacional de Toxicología Computacional
Cita primariaEl Tablero de control de química de CompTox: un recurso de datos de la comunidad para la química ambiental. [1]
Acceso
Sitio webcomptox .epa .gov / tablero
URL de descargacomptox .epa .gov / tablero / descargas
Diverso
LicenciaDominio publico

Frecuencia de publicación de datos
Cada 6 meses
Política de curaciónCurada manualmente

El CompTox Químicos del tablero de instrumentos es una base de datos en línea de libre acceso creado y mantenido por la Agencia de Protección Ambiental de Estados Unidos (EPA). La base de datos proporciona acceso a múltiples tipos de datos, incluidas las propiedades fisicoquímicas , el destino y transporte ambiental, la exposición, el uso, la toxicidad in vivo y el bioensayo in vitro . La EPA y otros científicos utilizan los datos y modelos contenidos en el tablero para ayudar a identificar los químicos que requieren más pruebas y reducir el uso de animales en las pruebas químicas. El Tablero también se utiliza para brindar acceso público a la información de los Planes de Acción de la EPA, por ejemplo, sobre sustancias alquiladas perfluoradas . [2] [3]

Originalmente titulado Chemistry Dashboard, la primera versión fue lanzada en 2016. [4] La última versión de la base de datos (versión 3.0.5) contiene datos seleccionados manualmente para más de 875,000 químicos e incorpora los últimos datos generados por el Pronosticador de Toxicidad de la EPA (ToxCast ) programa de cribado de alto rendimiento. [5] El Panel de sustancias químicas incorpora datos de varias bases de datos anteriores de la EPA en un paquete que incluye el Panel de control ToxCast, [6] el Panel de control del Programa de detección de trastornos endocrinos (EDSP) [7] y la Base de datos de productos químicos y productos (CPDat). [8]

Alcance y acceso

La base de datos de CompTox Chemicals Dashboard contiene información y estructuras químicas de alta calidad que han sido cuidadosamente seleccionadas y verificadas, que se pueden utilizar como un recurso para los científicos analíticos involucrados en la identificación de estructuras. [9]

Vista de datos de bioactividad de ToxCast para bisfenol A

Los datos de peligros químicos en el tablero provienen tanto de estudios tradicionales con animales de laboratorio como de exámenes de alto rendimiento . Los datos biológicos del cribado de alto rendimiento son generados por el programa ToxCast de la EPA, [5] los datos de ToxCast en la base de datos proporcionan información sobre los ensayos utilizados y su potencia y eficacia de respuesta. Estos datos se pueden encontrar en la pestaña de bioactividad.

Se puede acceder al Panel de control de productos químicos a través de una interfaz web o se pueden descargar conjuntos de datos para su uso sin conexión. La pestaña Listas se puede utilizar para buscar y descargar grupos de productos químicos relacionados según su relevancia para un tema de investigación específico (como aditivos en cigarrillos o productos químicos que demuestren efectos sobre los efectos del desarrollo neurológico ) o los criterios de valoración específicos del ensayo que cubren.

Dentro del panel de control en línea, las búsquedas se pueden realizar por categorías de producto / uso, ensayo / gen, nombre sistemático, sinónimo, número CAS , ID de sustancia DSSTox o InChiKey . En la pestaña Búsqueda avanzada, los productos químicos se pueden buscar en función de su masa o fórmula molecular . También se pueden realizar búsquedas de grupos de productos químicos basados ​​en el nombre químico CASRN, InChIKey, ID de sustancia DSSTox, ID de compuesto DSSTox, Esqueleto de InChIKey, Fórmula preparada para MS, Fórmula exacta o Masa monoisotópica utilizando la función de búsqueda por lotes.

Otras funciones

Módulo de tamiz abstracto

En The Chemicals Dashboard se integra una herramienta automática de lectura cruzada denominada Lectura generalizada generalizada (GenRA). GenRA está diseñado para mantener la consideración experta inherente al método de extrapolación, pero automatiza el proceso de selección química para ayudar a predecir la toxicidad. [10]

El Tablero también tiene la capacidad de buscar fuentes de literatura científica existente como PubMed , a través de una versión basada en la web del "Abstract Sifter", [11] Google Scholar e informes de los valores de toxicidad revisados ​​por pares provisionales de la EPA ( PPRTV ) y la EPA Integrated Sistema de Información de Riesgos ( IRIS ).

La predicción QSAR en tiempo real para múltiples propiedades fisicoquímicas y puntos finales de toxicidad está disponible a través de la pestaña de predicciones .

Apoyo a la espectrometría de masas

Relaciones MS-Ready

El tablero proporciona soporte para la espectrometría de masas, proporcionando búsquedas contra los datos químicos contenidos en la base de datos en función de la masa y la fórmula molecular . El panel se ha aplicado a análisis no dirigidos en busca de " incógnitas conocidas ". [12] Se admiten tanto la espectrometría de masas dirigida como la espectrometría de masas no dirigida. Las búsquedas utilizan una búsqueda basada en formas de compuestos químicos "MS-Ready". Las sustancias químicas individuales se colapsan en una forma que sería detectada por espectrometría de masas, de modo que las sales se desalan y neutralizan y las sustancias químicas multicomponentes se separan en sus componentes individuales. [13]

Ver también

Referencias

  1. ^ Williams, Antony J .; et al. (18 de noviembre de 2017). "El tablero de CompTox Chemistry: un recurso de datos de la comunidad para la química ambiental" . Revista de Cheminformatics . 9 (1): 61. doi : 10.1186 / s13321-017-0247-6 . PMC  5705535 . PMID  29185060 .
  2. ^ Keyt, Bryan; Lee, Thomas; Poplawski, Steven (27 de marzo de 2019). "EPA anuncia el plan de acción de sustancias perfluoroalquilo y polifluoroalquilo (PFAS): descripción general y próximos pasos" . JD Supra . Consultado el 21 de abril de 2019 .
  3. ^ Patlewicz, G; et al. (Enero de 2019). "Un enfoque de priorización basado en categorías de productos químicos para seleccionar 75 sustancias per y polifluoroalquilo (PFAS) para pruebas de toxicidad escalonada y toxicocinética" . Perspectivas de salud ambiental . 127 : 014501. doi : 10.1289 / EHP4555 . PMID 30632786 . 
  4. ^ Williams, Antony J .; Grulke, Christopher M .; Edwards, Jeff; McEachran, Andrew D .; Mansouri, Kamel; Baker, Nancy C .; Patlewicz, Grace; Shah, Imran; Wambaugh, John F. (28 de noviembre de 2017). "El tablero de CompTox Chemistry: un recurso de datos de la comunidad para la química ambiental" . Revista de Cheminformatics . 9 (1): 61. doi : 10.1186 / s13321-017-0247-6 . ISSN 1758-2946 . PMC 5705535 . PMID 29185060 .   
  5. a b US EPA, ORD (21 de agosto de 2015). "Pronóstico de toxicidad" . EPA de EE . UU . Consultado el 22 de abril de 2019 .
  6. US EPA, ORD (1 de noviembre de 2017). "Exploración de datos de ToxCast" . EPA de EE . UU . Consultado el 22 de abril de 2019 .
  7. US EPA, OCSPP (14 de agosto de 2015). "Programa de detección de disruptores endocrinos (EDSP) en el siglo XXI" . EPA de EE . UU . Consultado el 22 de abril de 2019 .
  8. US EPA, ORD (4 de agosto de 2016). "Base de datos de productos químicos y productos (CPDat)" . EPA de EE . UU . Consultado el 22 de abril de 2019 .
  9. ^ US EPA, ORD (30 de abril de 2018). "Identificación de la estructura mediante el panel de química CompTox de la EPA" . EPA de EE . UU . Consultado el 23 de abril de 2019 .
  10. US EPA, ORD (25 de septiembre de 2018). "El nuevo módulo GenRA en el panel CompTox de la EPA ayudará a predecir la toxicidad química potencial" . EPA de EE . UU . Consultado el 23 de abril de 2019 .
  11. ^ Baker, N; et al. (Diciembre de 2017). "Abstract Sifter: un sistema integral de front-end para PubMed" . F1000Research . 6 : 2164. doi : 10.12688 / f1000research.12865.1 . PMC 5801564 . PMID 29479422 .  
  12. ^ McEachran, AD; Sobus JR C; Williams AJ (diciembre de 2016). "Identificación de incógnitas conocidas utilizando el tablero de química CompTox de la EPA de los Estados Unidos". Química analítica y bioanalítica . 409 (7): 1729-1735. doi : 10.1007 / s00216-016-0139-z . PMID 27987027 . 
  13. ^ McEachran, AD; et al. (Agosto de 2018). " Estructuras " MS-Ready "para estudios de cribado de espectrometría de masas de alta resolución no dirigidos" . Revista de Cheminformatics . 10 . doi : 10.1186 / s13321-018-0299-2 .