ChemSpider

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ChemSpider
ChemSpider Logo.png
Contenido
DescripciónUna base de datos de estructuras químicas que proporciona acceso rápido a más de 100 millones de estructuras, propiedades e información asociada.
Contacto
Centro de InvestigaciónRaleigh, Carolina del Norte , Estados Unidos
Laboratorio
Acceso
Sitio webwww.chemspider.com
Instrumentos
Ser únicohttps://itunes.apple.com/us/app/chemspider/id458878661
Diverso
LicenciaCreative Commons Atribución Compartir Igual [2]

ChemSpider es una base de datos de productos químicos . ChemSpider es propiedad de la Royal Society of Chemistry . [3] [4] [5] [6] [7]

Base de datos

La base de datos contiene información sobre más de 100 millones de moléculas de más de 270 fuentes de datos, entre las que se incluyen: [8]

A cada producto químico se le asigna un identificador único , que forma parte de una URL correspondiente. Por ejemplo, acetona es 175 y, por lo tanto, tiene la URL http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.175.html

Crowdsourcing

La base de datos de ChemSpider se puede actualizar con las contribuciones de los usuarios, incluida la deposición de estructuras químicas, la deposición de espectros y la curación del usuario. Este es un enfoque de crowdsourcing para desarrollar una base de datos de química en línea. La curación de datos basada en crowdsourcing ha producido un diccionario de nombres químicos asociados con estructuras químicas que se ha utilizado en aplicaciones de minería de textos de la literatura biomédica y química. [10]

Sin embargo, no se renuncia a los derechos de la base de datos y no se dispone de un volcado de datos ; de hecho, las preguntas frecuentes incluso establecen que solo se permiten descargas limitadas: [11] por lo tanto, el derecho a bifurcar no está garantizado y el proyecto no puede considerarse libre / abierto .

Buscando

Se proporcionan varios módulos de búsqueda disponibles:

  • La búsqueda estándar permite la consulta de nombres sistemáticos , nombres comerciales y sinónimos y números de registro
  • La búsqueda avanzada permite la búsqueda interactiva por estructura química, subestructura química, utilizando también fórmula molecular y rango de peso molecular , números CAS , proveedores, etc. La búsqueda puede usarse para ampliar o restringir resultados ya encontrados.
  • La búsqueda de estructuras en dispositivos móviles se puede realizar utilizando aplicaciones gratuitas para iOS (iPhone / iPod / iPad) [12] y para Android (sistema operativo) . [13]

Marcado de documentos de química

La base de datos ChemSpider se ha utilizado en combinación con la minería de texto como base del marcado de documentos de química . ChemMantis, [14] el Sistema Integrado de Transformación de Nomenclatura y Marcado Químico utiliza algoritmos para identificar y extraer nombres químicos de documentos y páginas web y convierte los nombres químicos en estructuras químicas utilizando algoritmos de conversión de nombre a estructura y búsquedas de diccionario en ChemSpider base de datos. El resultado es un sistema integrado entre los documentos químicos y la búsqueda de información a través de ChemSpider en más de 150 fuentes de datos.

Historia

ChemSpider fue adquirido por la Royal Society of Chemistry (RSC) en mayo de 2009. [15] Antes de la adquisición por RSC, ChemSpider estaba controlado por una corporación privada, ChemZoo Inc. El sistema se lanzó por primera vez en marzo de 2007 en una versión beta. forma y pasó a ser lanzado en marzo de 2008.

Servicios

Varios servicios están disponibles en línea. Estos incluyen la conversión de nombres químicos en estructuras químicas , la generación de cadenas SMILES e InChI , así como la predicción de muchos parámetros fisicoquímicos y la integración a un servicio web que permite la predicción de RMN .

SyntheticPages

SyntheticPages es una base de datos interactiva gratuita de procedimientos de química sintética operada por la Royal Society of Chemistry . [16] Los usuarios envían procedimientos sintéticos que ellos mismos han realizado para su publicación en el sitio. Estos procedimientos pueden ser trabajos originales, pero más a menudo se basan en reacciones de la literatura. Las citas al procedimiento original publicado se hacen cuando es apropiado. Un editor científico los verifica antes de publicarlos. Las páginas no se someten a una revisión formal por pares como una revista científica.artículo, pero los usuarios registrados pueden hacer comentarios. Los comentarios también son moderados por editores científicos. La intención es recopilar experiencia práctica sobre cómo realizar síntesis químicas útiles en el laboratorio. Mientras que los métodos experimentales publicados en una revista académica ordinaria se enumeran de manera formal y concisa, los procedimientos en ChemSpider SyntheticPages se dan con más detalles prácticos. Se fomenta la informalidad. También se incluyen los comentarios de los remitentes. Otras publicaciones con cantidades comparables de detalles incluyen Organic Syntheses e Inorganic Syntheses . El sitio SyntheticPages fue creado originalmente por los profesores Kevin Booker-Milburn ( Universidad de Bristol ), Stephen Caddick (University College London ), Peter Scott ( Universidad de Warwick ) y el Dr. Max Hammond. En febrero de 2010 se anunció una fusión [17] con el motor de búsqueda de estructuras químicas ChemSpider de la Royal Society of Chemistry y la formación de ChemSpider | SyntheticPages (CS | SP).

Abrir PHACTS

ChemSpider sirvió como depósito de compuestos químicos como parte del proyecto Open PHACTS , una iniciativa de medicamentos innovadores . Open PHACTS desarrollado para estándares abiertos, con un enfoque de web semántica de acceso abierto para abordar los cuellos de botella en el descubrimiento de fármacos de moléculas pequeñas: fuentes de información dispares, falta de estándares y sobrecarga de información. [18]

Ver también

Referencias

  1. ^ Van Noorden, R. (2012). "La red de datos de la química se expande" . Naturaleza . 483 (7391): 524. Bibcode : 2012Natur.483..524V . doi : 10.1038 / 483524a . PMID  22460877 .
  2. ^ "Blog de ChemSpider» Archivo del blog »ChemSpider adopta licencias Creative Commons" . www.chemspider.com . Archivado desde el original el 2 de abril de 2015 . Consultado el 21 de marzo de 2014 .
  3. ^ Antony John Williams (enero-febrero de 2008). "ChemSpider y su Web en expansión: construcción de una comunidad centrada en la estructura para los químicos" . Química Internacional . 30 (1).
  4. ^ Williams, AJ (2008). "Bases de datos públicas de compuestos químicos". Opinión actual sobre descubrimiento y desarrollo de fármacos . 11 (3): 393–404. PMID 18428094 . 
  5. ^ Brumfiel, G. (2008). "Los químicos tejen una red de datos" . Naturaleza . 453 (7192): 139. Código Bibliográfico : 2008Natur.453..139B . doi : 10.1038 / 453139a . PMID 18464701 . 
  6. ^ Williams, AJ (2011). "Chemspider: una plataforma para la colaboración colaborativa para curar datos derivados de bases de datos compuestas públicas". Tecnologías computacionales colaborativas para la investigación biomédica . págs. 363–386. doi : 10.1002 / 9781118026038.ch22 . ISBN 9781118026038.
  7. ^ Peniques, ÉL; Williams, A. (2010). "ChemSpider: un recurso de información química en línea". Revista de educación química . 87 (11): 1123. Código bibliográfico : 2010JChEd..87.1123P . doi : 10.1021 / ed100697w .
  8. ^ "Fuentes de datos" . Chemspider . Consultado el 16 de mayo de 2019 .
  9. ^ "Blog de ChemSpider» Archivo del blog »El navegador DSSTox de la EPA de EE. UU. Se conecta a ChemSpider" . ChemSpider. 23 de agosto de 2008. Archivado desde el original el 7 de noviembre de 2017 . Consultado el 7 de noviembre de 2017 .
  10. ^ Hettne, KM; Williams, AJ; Van Mulligen, EM; Kleinjans, J .; Tkachenko, V .; Kors, JA (2010). "Curación automática o manual de un diccionario químico de múltiples fuentes: el impacto en la minería de texto" . Revista de Cheminformatics . 2 (1): 3. doi : 10.1186 / 1758-2946-2-3 . PMC 2848622 . PMID 20331846 .  
  11. ^ "Blog de ChemSpider» Archivo del blog »¿A quién le gustaría tener la base de datos completa de ChemSpider?" . www.chemspider.com . Archivado desde el original el 24 de septiembre de 2015 . Consultado el 18 de abril de 2014 .
  12. ^ "ChemSpider en la App Store" . Tienda de aplicaciones .
  13. ^ "ChemSpider Mobile - Aplicaciones de Android en Google Play" . play.google.com .
  14. ^ Bienvenido ChemMantis a ChemZoo y una convocatoria de contribuciones de la comunidad, 2008-10-23, A. Williams, entrada de blog Archivada el 24 de septiembre de 2015en Wayback Machine
  15. ^ "RSC adquiere ChemSpider" . Real Sociedad de Química. 11 de mayo de 2009 . Consultado el 11 de mayo de 2009 .
  16. ^ "Páginas sintéticas de ChemSpider" . ChemSpider SyntheticPages . Real Sociedad de Química . Consultado el 26 de junio de 2012 .
  17. ^ "ChemSpider y SyntheticPages apoyan la química sintética" . Publicaciones RSC . Real Sociedad de Química. 2010-02-05. Archivado desde el original el 26 de julio de 2012 . Consultado el 26 de junio de 2012 .
  18. ^ Williams, AJ ; Harland, L .; Groth, P .; Pettifer, S .; Chichester, C .; Willighagen, EL; Evelo, CT; Blomberg, N .; Ecker, G .; Goble, C .; Mons, B. (2012). "Open PHACTS: interoperabilidad semántica para el descubrimiento de fármacos" . Descubrimiento de drogas hoy . 17 (21-22): 1188-1198. doi : 10.1016 / j.drudis.2012.05.016 . PMID 22683805 .