CHEMBL

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CHEMBL
Chembl logo.png
Contenido
DescripciónBase de datos biológica
Tipos de datos
capturados
Moléculas con propiedades farmacológicas y actividad biológica.
Contacto
Centro de InvestigaciónLaboratorio Europeo de Biología Molecular
LaboratorioReino Unido Instituto Europeo de Bioinformática
AutoresAndrew Leach, líder del equipo 2016-presente; John Overington, líder del equipo 2008-2015
Cita primariaPMID  21948594
Fecha de lanzamiento2009
Acceso
Sitio webCHEMBL
URL de descargaDescargas
URL del servicio webServicios web de ChEMBL
Punto final de SparqlPlataforma ChEMBL EBI-RDF
Diverso
LicenciaLos datos de ChEMBL están disponibles en una licencia Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported
Control de versionesChEMBL_28

Chembl o ChEMBLdb es un manual comisariada base de datos químicos de bioactivos moléculas con la droga-como propiedades. [1] Es mantenido por el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI), del Laboratorio Europeo de Biología Molecular ( EMBL ), con sede en el Wellcome Trust Genome Campus , Hinxton, Reino Unido.

La base de datos, originalmente conocida como StARlite, fue desarrollada por una empresa de biotecnología llamada Inpharmatica Ltd. luego adquirida por Galapagos NV . Los datos fueron adquiridos para EMBL en 2008 con un premio de The Wellcome Trust , [2] que resultó en la creación del grupo de quimiogenómica ChEMBL en EMBL-EBI, dirigido por John Overington. [3] [4]

Alcance y acceso

La base de datos de ChEMBL contiene datos de bioactividad de compuestos frente a objetivos de fármacos. La bioactividad se informa en Ki, Kd, ​​IC50 y EC50. [5] Los datos se pueden filtrar y analizar para desarrollar bibliotecas de selección de compuestos para la identificación de plomo durante el descubrimiento de fármacos. [6]

La versión 2 de ChEMBL (ChEMBL_02) se lanzó en enero de 2010, incluidas 2,4 millones de mediciones de bioensayos que abarcan 622.824 compuestos, incluidos 24.000 productos naturales. Esto se obtuvo de la curaduría de más de 34.000 publicaciones en doce revistas de química médica . La cobertura de ChEMBL de datos de bioactividad disponibles ha crecido hasta convertirse en "la más completa jamás vista en una base de datos pública". [3] En octubre de 2010, se lanzó la versión 8 de ChEMBL (ChEMBL_08), con más de 2,97 millones de mediciones de bioensayos que abarcan 636,269 compuestos. [7]

ChEMBL_10 vio la adición de los ensayos confirmatorios PubChem , con el fin de integrar datos que sean comparables al tipo y clase de datos contenidos en ChEMBL. [8]

Se puede acceder a ChEMBLdb a través de una interfaz web o descargarse mediante el Protocolo de transferencia de archivos . Tiene un formato que se adapta a la minería de datos computarizada e intenta estandarizar las actividades entre las diferentes publicaciones para permitir el análisis comparativo. [1] ChEMBL también está integrado en otros recursos de química a gran escala, incluidos PubChem y el sistema ChemSpider de la Royal Society of Chemistry .

Recursos asociados

Además de la base de datos, el grupo ChEMBL ha desarrollado herramientas y recursos para la minería de datos. [9] Estos incluyen Kinase SARfari, un banco de trabajo de quimiogenómica integrado centrado en las quinasas . El sistema incorpora y enlaza secuencia, estructura, compuestos y datos de cribado .

GPCR SARfari es un banco de trabajo similar centrado en GPCR , y ChEMBL-Neglected Tropical Diseases (ChEMBL-NTD) es un repositorio de datos de pruebas primarias de acceso abierto y de química medicinal dirigidos a enfermedades tropicales endémicas de las regiones en desarrollo de África, Asia y el Américas. El propósito principal de ChEMBL-NTD es proporcionar un centro de distribución y archivo permanente y de libre acceso para los datos depositados. [3]

En julio de 2012 se lanzó un nuevo servicio de datos sobre la malaria Archivado el 30 de julio de 2016 en Wayback Machine , patrocinado por Medicines for Malaria Venture ( MMV ), dirigido a investigadores de todo el mundo. Los datos de este servicio incluyen compuestos del conjunto de detección Malaria Box, así como otros datos de malaria donados que se encuentran en ChEMBL-NTD.

myChEMBL , la máquina virtual ChEMBL , se lanzó en octubre de 2013 para permitir a los usuarios acceder a una infraestructura química informática completa, gratuita y fácil de instalar.

En diciembre de 2013, las operaciones de la base de datos informática de patentes SureChem se transfirieron a EMBL-EBI. En un acrónimo, SureChem pasó a llamarse SureChEMBL.

En 2014 se introdujo el nuevo recurso ADME SARfari , una herramienta para predecir y comparar objetivos ADME de especies cruzadas. [10]

Ver también

Referencias

  1. ^ a b Gaulton, A; et al. (2011). "ChEMBL: una base de datos de bioactividad a gran escala para el descubrimiento de fármacos" . Investigación de ácidos nucleicos . 40 (Problema de la base de datos): D1100-7. doi : 10.1093 / nar / gkr777 . PMC 3245175 . PMID 21948594 .  
  2. ^ "La base de datos de descubrimiento de fármacos de acceso abierto se lanza con medio millón de compuestos | Bienvenidos" . bienvenido.ac.uk . 18 de enero de 2010 . Consultado el 31 de agosto de 2019 .
  3. a b c Bender, A (2010). "Bases de datos: las bioactividades compuestas se hacen públicas" . Biología química de la naturaleza . 6 (5): 309. doi : 10.1038 / nchembio.354 .
  4. ^ Overington J (abril de 2009). "ChEMBL. Entrevista con John Overington, líder del equipo de quimiogenómica en la estación externa del Instituto Europeo de Bioinformática del Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL-EBI). Entrevista de Wendy A. Warr". J. Comput.-Aided Mol. Des . 23 (4): 195–8. Código Bibliográfico : 2009JCAMD..23..195W . doi : 10.1007 / s10822-009-9260-9 . PMID 19194660 . S2CID 2946417 .  
  5. ^ Mok, N. Yi; Brenk, Ruth (24 de octubre de 2011). "Minería de la base de datos de ChEMBL: un flujo de trabajo de quimioinformática eficiente para ensamblar una biblioteca de cribado centrada en el canal de iones" . J. Chem. Inf. Modelo. 51 (10): 2449–2454. doi : 10.1021 / ci200260t . PMC 3200031 . PMID 21978256 .   
  6. ^ Brenk, R; Schinpani, A; James, D; Krasowski, A (marzo de 2008). "Lecciones aprendidas de la recopilación de bibliotecas de detección para el descubrimiento de fármacos para enfermedades desatendidas" . ChemMedChem . 3 (3): 435–44. doi : 10.1002 / cmdc.200700139 . PMC 2628535 . PMID 18064617 .  
  7. ^ Chembl-og (15 noviembre 2010), ChEMBL_08 de lanzamiento , recuperado 2010-11-15
  8. ^ Chembl-og (6 de junio de 2011), ChEMBL_10 de lanzamiento , recuperado 2011-06-09
  9. ^ Bellis, LJ; et al. (2011). "Recopilación y extracción de datos de datos de bioactividad de la literatura para el descubrimiento de fármacos". Transacciones de la sociedad bioquímica . 39 (5): 1365-1370. doi : 10.1042 / BST0391365 . PMID 21936816 . 
  10. ^ Davies, M; et al. (2015). "ADME SARfari: Genómica comparativa de sistemas de metabolización de fármacos" . Bioinformática . 31 (10): 1695–1697. doi : 10.1093 / bioinformatics / btv010 . PMC 4426839 . PMID 25964657 .  

Enlaces externos